+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jug | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Multienzyme Docking in Hybrid Megasynthetases | ||||||
要素 | TubC protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / docking domain / dimer / nonribosomal peptide synthetase / tubulysin / Ligase / Phosphopantetheine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Angiococcus disciformis (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Richter, C.D. / Nietlispach, D. / Broadhurst, R.W. / Weissman, K.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008 タイトル: Multienzyme docking in hybrid megasynthetases 著者: Richter, C.D. / Nietlispach, D. / Broadhurst, R.W. / Weissman, K.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jug.cif.gz | 514.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2jug.ent.gz | 439.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jug.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2jug_validation.pdf.gz | 355.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2jug_full_validation.pdf.gz | 474.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2jug_validation.xml.gz | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2jug_validation.cif.gz | 42.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/2jug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/2jug | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8126.371 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 2-74 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Angiococcus disciformis (バクテリア) 属: Cystobacter / 株: An d48 / 遺伝子: tubC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q5ZPA9 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: Solution structure of the N-terminal docking domain of the TubC subunit of the hybrid non-ribosomal peptide synthetase/polyketide synthase that makes tubulysin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料状態 | イオン強度: 0.15 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 308 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: simulated annealing using Aria 1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 1987 / NOE intraresidue total count: 652 / NOE long range total count: 269 / NOE medium range total count: 449 / NOE sequential total count: 596 / Hydrogen bond constraints total count: 34 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 53 / Protein psi angle constraints total count: 52 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10 | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR ensemble rms | Distance rms dev: 0.049 Å / Distance rms dev error: 0.01 Å |