PDB-2jue: Solution structure of the all-D kalata B1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jue

タイトル

Solution structure of the all-D kalata B1

要素

Kalata-B1

キーワード

Antibiotic / plant protein / cystine knot / D-amino acid / beta hairpin / cyclic backbone / UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

機能・相同性情報

killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Daly, N.L. / Sando, L. / Craik, D.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2011
タイトル: A Synthetic mirror image of kalata B1 reveals that cyclotide activity is independent of a protein receptor.
著者: Sando, L. / Henriques, S.T. / Foley, F. / Simonsen, S.M. / Daly, N.L. / Hall, K.N. / Gustafson, K.R. / Aguilar, M.I. / Craik, D.J.

履歴

登録	2007年8月23日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年8月19日	Group: Database references
改定 2.0	2020年8月12日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / pdbx_entity_src_syn / pdbx_molecule_features / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jue.cif.gz	150 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jue.ent.gz	92.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jue.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jue_validation.pdf.gz	313.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jue_full_validation.pdf.gz	361.2 KB	表示
XML形式データ	2jue_validation.xml.gz	5.9 KB	表示
CIF形式データ	2jue_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/2jue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/2jue	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nb1
類似構造データ	1nb1-d 2k7g-d 4ttm-2 1pt4-d 2lam-d 4tto-1 2kvx-d 2m8f-d 1n1u-d 1kal-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kalata-B1

2.92 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Kalata-B1 タイプ: Cyclic peptide / クラス: 抗菌剤, Antitumor / 分子量: 2917.345 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 93-121 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: D-amino acids / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P56254, ALL-D KALATA B1
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS IS A CYCLIC PEPTIDE AND DVA29 CORRESPONDS TO UNP RESIDUE VAL92

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D DQF-COSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.6 mM D-kalata B1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1.6 mM / 構成要素: D-kalata B1
試料状態	イオン強度: 1 / pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 290 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker ARX	Bruker	ARX	500	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker Biospin	collection
CNS		Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
Sparky		Goddard	データ解析
CNS		Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Protocol within CNS

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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