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万見
- PDB-2juc: URN1 FF domain yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2juc
タイトルURN1 FF domain yeast
要素Pre-mRNA-splicing factor URN1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / FF / helical bundle / solution / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Spliceosome
機能・相同性
機能・相同性情報


prespliceosome / mRNA cis splicing, via spliceosome / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / mRNA splicing, via spliceosome / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
FF domain / Pre-mRNA-processing factor Prp40 / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily ...FF domain / Pre-mRNA-processing factor Prp40 / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing factor URN1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsURN1 FF domain yeast
データ登録者Bonet, R. / Ramirez-Espain, X. / Macias, M.J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Solution structure of the yeast URN1 splicing factor FF domain: Comparative analysis of charge distributions in FF domain structures-FFs and SURPs, two domains with a similar fold.
著者: Bonet, R. / Ramirez-Espain, X. / Macias, M.J.
履歴
登録2007年8月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor URN1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1841
ポリマ－7,1841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 60structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor URN1 / U2-U5-U6 snRNP / RES complex and NTC-interacting pre-mRNA-splicing factor 1


分子量: 7183.930 Da / 分子数: 1 / 断片: FF domain (residues 212-266) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: URN1 / プラスミド: petm30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06525

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: URN1 FF domain yeast
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H NOESY
1323D 1H-15N NOESY
1433D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM FF protein, 20 mM sodium phosphate, 130 mM sodium chloride, 0.03 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-100% 15N] FF protein, 20 mM sodium phosphate, 130 mM sodium chloride, 0.03 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] FF protein, 20 mM sodium phosphate, 130 mM sodium chloride, 0.03 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMFF1
20 mMsodium phosphate1
130 mMsodium chloride1
0.03 %sodium azide1
0.5 mMFF[U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate2
130 mMsodium chloride2
0.03 %sodium azide2
0.5 mMFF[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphate3
130 mMsodium chloride3
0.03 %sodium azide3
試料状態pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, F. et al.解析
CNSBrunger, A.T. et al.精密化
CARAKeller, R. et al.データ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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