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万見
- PDB-2jtk: A functional domain of a Wnt signal protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jtk
タイトルA functional domain of a Wnt signal protein
要素Dickkopf-related protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Protein / Developmental protein / Glycoprotein / Secreted / Wnt signaling pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / receptor antagonist activity / co-receptor binding / multicellular organism development / negative regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Dickkopf, N-terminal cysteine-rich / Dickkopf-like protein / Dickkopf N-terminal cysteine-rich region / Lipase, subunit A / Lipase, subunit A / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dickkopf-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Chen, L. / Shao, Y. / Huang, J. / Zheng, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural insight into the mechanisms of wnt signaling antagonism by dkk
著者: Chen, L. / Wang, K. / Shao, Y. / Huang, J. / Li, X. / Shan, J. / Wu, D. / Zheng, J.J.
履歴
登録2007年8月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dickkopf-related protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1421
ポリマ－10,1421
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Dickkopf-related protein 2 / Dkk-2 / Dickkopf-2 / mDkk-2


分子量: 10141.904 Da / 分子数: 1 / 断片: DKK-type Cys-2 region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dkk2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QYZ8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D HBHA(CO)NH
1723D 1H-15N TOCSY
1823D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11022D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 5 mM [U-99% 2H] acetic acid, 250 mM urea, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-99% 15N] protein, 5 mM [U-99% 2H] acetic acid, 250 mM urea, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity[U-99% 13C; U-99% 15N]1
5 mMacetic acid[U-99% 2H]1
250 mMurea1
1 mMentity[U-99% 15N]2
5 mMacetic acid[U-99% 2H]2
250 mMurea2
試料状態イオン強度: 5 / pH: 5 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1P.GUNTERT ET AL.精密化
CYANABartels et al.chemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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