PDB-2jst: Four-Alpha-Helix Bundle with Designed Anesthetic Binding Pockets ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jst

タイトル

Four-Alpha-Helix Bundle with Designed Anesthetic Binding Pockets II: Halothane Effects on Structure and Dynamics

要素

Four-Alpha-Helix Bundle

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Four-alpha-helix bundle / anesthetic binding / alpha helix / homo dimer

機能・相同性

Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1010 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 2-BROMO-2-CHLORO-1,1,1-TRIFLUOROETHANE

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Cui, T. / Bondarenko, V. / Ma, D. / Canlas, C. / Brandon, N.R. / Johansson, J.S. / Tang, P. / Xu, Y.

引用

ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2008
タイトル: Four-alpha-helix bundle with designed anesthetic binding pockets. Part II: halothane effects on structure and dynamics
著者: Cui, T. / Bondarenko, V. / Ma, D. / Canlas, C. / Brandon, N.R. / Johansson, J.S. / Xu, Y. / Tang, P.

履歴

登録	2007年7月12日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jst.cif.gz	884.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jst.ent.gz	755.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jst.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jst_validation.pdf.gz	371 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jst_full_validation.pdf.gz	600.1 KB	表示
XML形式データ	2jst_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	2jst_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/2jst ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/2jst	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1rsd-d 1yvi-2 7jrq-d 2nm3-d 4dzl-1 1rs2-d 1u68-d 6s09-3 1rry-d 2dhn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Four-Alpha-Helix Bundle

B: Four-Alpha-Helix Bundle

ヘテロ分子

14 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Four-Alpha-Helix Bundle 分子量: 6877.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-HLT / 2-BROMO-2-CHLORO-1,1,1-TRIFLUOROETHANE / (+)-ハロタン分子量: 197.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂HBrClF₃

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D HNCA
1	7	1	3D HN(CO)CA
1	8	1	3D 1H-15N NOESY
1	9	1	3D (H)CCH-COSY
1	10	1	R1
1	11	1	R2
1	12	1	Heteronuclear NOE

-
試料調製

詳細	内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] 4HB, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.5 mM / 構成要素: 4HB / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態	pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	2
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	1.3	Bruker	collection
NMRPipe	2.4 Rev 2006.095.11.35	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Sparky	3.11	Goddard	データ解析
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
AutoAssign	2.2.0	Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelione	chemical shift assignment
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)