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万見
- PDB-2js4: Solution NMR Structure of Bordetella bronchiseptica protein BB200... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2js4
タイトルSolution NMR Structure of Bordetella bronchiseptica protein BB2007. Northeast Structural Genomics Consortium target BoR54
要素UPF0434 protein BB2007
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NESG / Northeast Structural Genomics Consortium / beta / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性Trm112-like / Trm112p-like protein / N-terminal domain of TfIIb - #10 / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Mainly Beta / cytosol / UPF0434 protein BB2007
機能・相同性情報
生物種Bordetella bronchiseptica RB50 (気管支敗血症菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Eletsky, A. / Sukumaran, D. / Wu, Y. / Singarapu, K. / Parish, D. / Xu, D. / Wang, D. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Xiao, R. ...Eletsky, A. / Sukumaran, D. / Wu, Y. / Singarapu, K. / Parish, D. / Xu, D. / Wang, D. / Nwosu, C. / Cunningham, K. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Solution Structure of Bordetella bronchiseptica protein BB2007.
著者: Eletsky, A. / Szyperski, T.
履歴
登録2007年6月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0434 protein BB2007


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8891
ポリマ－7,8891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 UPF0434 protein BB2007


分子量: 7889.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica RB50 (気管支敗血症菌)
生物種: Bordetella bronchiseptica / 株: RB50, NCTC 13252 / 遺伝子: BB2007 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10 / 参照: UniProt: Q7WKU6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D HBHA(CO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D (H)CCH-COSY
1913D 1H-13C,15N NOESY
11013D (H)CCH-COSY
11122D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 0.02 % NaN3, 100 mM DTT, 5 mM CaCl2, 100 mM NaCl, 20 mM MES, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.8 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] protein, 0.02 % NaN3, 100 mM DTT, 5 mM CaCl2, 100 mM NaCl, 20 mM MES, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.3 mMBoR54[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.02 %NaN31
100 mMDTT1
5 mMCaCl21
100 mMNaCl1
20 mMMES1
0.8 mMBoR54[U-5% 13C; U-100% 15N]2
0.02 %NaN32
100 mMDTT2
5 mMCaCl22
100 mMNaCl2
20 mMMES2
試料状態イオン強度: 0.115 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
PROSA6.0.2Guntert解析
CARA1.8.4R. Kellerデータ解析
CSI2David Wishartデータ解析
CSI22Brian Sykesデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.0.0Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
AutoAssign1.15.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: simulated annealing in explicit water bath
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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