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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jrq | ||||||||||||||||||||
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タイトル | NMR solution structure of the anticodon of E. coli TRNA-VAL3 with 1 modification (cmo5U34) | ||||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA / E.coli / Valine / TRNA / ANTICODON STEM LOOP / TRNA DOMAIN / RNA HAIRPIN / URIDINE 5-OXYACETIC ACID / CMO5U | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | Model type details | minimized average | ![]() Vendeix, F.A.P. / Dziergowska, A. / Gustilo, E.M. / Graham, W.D. / Sproat, B. / Malkiewicz, A. / Agris, P.F. | ![]() ![]() タイトル: Wobble-Position Modifications Pre-structure tRNA's Anticodon for Ribosome-Mediated Codon Binding 著者: Vendeix, F.A.P. / Dziergowska, A. / Gustilo, E.M. / Graham, W.D. / Sproat, B. / Malkiewicz, A. / Agris, P.F. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 123.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 320.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 371.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5476.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 |
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-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: anneal.inp protocol in CNS | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 608 / Hydrogen bond constraints total count: 28 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 11 / Maximum lower distance constraint violation: 0.1 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å |