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- PDB-2jrh: Solution structure of human MEKK3 PB1 domain cis isomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jrh
タイトルSolution structure of human MEKK3 PB1 domain cis isomer
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3
キーワードTRANSFERASE / kinase signaling domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell proliferation in bone marrow / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / blood vessel development / negative regulation of cellular senescence / MAP kinase kinase kinase activity / Interleukin-1 signaling / MAPK cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction ...positive regulation of cell proliferation in bone marrow / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / blood vessel development / negative regulation of cellular senescence / MAP kinase kinase kinase activity / Interleukin-1 signaling / MAPK cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein autophosphorylation / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2/3, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain profile. / PB1 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll ...Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 2/3, PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain profile. / PB1 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailsMitogen Activated Protein Kinase Kinase Kinase 3 PB1 domain (Residues 42-126) cis isomer
データ登録者Qi, H. / Jiahai, Z. / Jihui, W. / Yunyu, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Insight into the Binding Properties of MEKK3 PB1 to MEK5 PB1 from Its Solution Structure.
著者: Hu, Q. / Shen, W. / Huang, H. / Liu, J. / Zhang, J. / Huang, X. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2007年6月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42020年9月9日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1871
ポリマ－11,1871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3 / MAPK/ERK kinase kinase 3 / MEK kinase 3 / MEKK 3


分子量: 11186.697 Da / 分子数: 1 / 断片: OPR, PB1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K3, MAPKKK3, MEKK3 / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q99759, mitogen-activated protein kinase kinase kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Mitogen Activated Protein Kinase Kinase Kinase 3 PB1 domain (Residues 42-126) cis isomer
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D C(CO)NH
1413D HNCO
1513D HBHA(CO)NH
1613D H(CCO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D (H)CCH-COSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY
11122D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MEKK3 PB1-cis, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-100% 15N] MEKK3 PB1-cis, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMMEKK3 PB1-cis[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.8 mMMEKK3 PB1-cis[U-100% 15N]2
試料状態pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readデータ解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1296 restraints, 1156 are noe-derived distance constraints, 112 dihedral angle restraints,28 distance restraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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