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万見
- PDB-2jre: C60-1, a PDZ domain designed using statistical coupling analysis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jre
タイトルC60-1, a PDZ domain designed using statistical coupling analysis
要素C60-1 PDZ domain peptide
キーワードDE NOVO PROTEIN / C60-1 / PDZ
機能・相同性PDZ domain / Pdz3 Domain / Roll / Mainly Beta
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Larson, C. / Stiffler, M. / Li, P. / Rosen, M. / MacBeath, G. / Ranganathan, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: C60-1, a PDZ domain designed using statistical coupling analysis
著者: Larson, C. / Stiffler, M. / Li, P. / Rosen, M. / MacBeath, G. / Ranganathan, R.
履歴
登録2007年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C60-1 PDZ domain peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5891
ポリマ－11,5891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 C60-1 PDZ domain peptide


分子量: 11589.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide is a synthetic construct designed using statistical coupling analysis and expressed in Escherichia coli BL21 cells using the pHis8.3 vector.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1223D 1H-13C NOESY
1312D 1H-15N HSQC
1432D 1H-13C HSQC
1513D CBCA(CO)NH
1613D HN(CA)CB
1713D HNCO
1813D C(CO)NH
1913D H(CCO)NH
11023D (H)CCH-TOCSY
21112D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-10% 13C] protein, 50 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMsodium chloride1
25 mMsodium phosphate1
0.02 %sodium azide1
1 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]2
50 mMsodium chloride2
25 mMsodium phosphate2
0.02 %sodium azide2
1 mMentity[U-10% 13C]3
50 mMsodium chloride3
25 mMsodium phosphate3
0.02 %sodium azide3
試料状態pH: 6.5 / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityVarianUNITY6001
Varian UnityVarianUNITY5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1718 / NOE intraresidue total count: 675 / NOE long range total count: 430 / NOE medium range total count: 152 / NOE sequential total count: 378 / Hydrogen bond constraints total count: 64 / Protein phi angle constraints total count: 51 / Protein psi angle constraints total count: 51
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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