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- PDB-2jr5: Solution structure of UPF0350 protein VC_2471. Northeast Structur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jr5
タイトルSolution structure of UPF0350 protein VC_2471. Northeast Structural Genomics Target VcR36
要素UPF0350 protein VC_2471
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / UPF0350 protein VC_2471 / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Flavinator of succinate dehydrogenase / Flavinator of succinate dehydrogenase / Flavinator of succinate dehydrogenase superfamily / Flavinator of succinate dehydrogenase / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FAD assembly factor SdhE
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Wu, Y. / Parish, D. / Singarapu, K.K. / Sukumaran, D. / Eletski, A. / Shastry, R. / Nwosu, C. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. ...Wu, Y. / Parish, D. / Singarapu, K.K. / Sukumaran, D. / Eletski, A. / Shastry, R. / Nwosu, C. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Solution NMR structure of yeast succinate dehydrogenase flavinylation factor sdh5 reveals a putative sdh1 binding site.
著者: Eletsky, A. / Jeong, M.Y. / Kim, H. / Lee, H.W. / Xiao, R. / Pagliarini, D.J. / Prestegard, J.H. / Winge, D.R. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2007年6月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年7月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年1月30日Group: Database references
改定 1.42020年2月19日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0350 protein VC_2471


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9361
ポリマ－10,9361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 UPF0350 protein VC_2471


分子量: 10936.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_2471 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q9KPA2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1114,3D, GFT HNNCABCA
1214,3D, GFT CABCACONNH
1314,3D, GFT (H)CCH COSY
1413D, 15N-13C RESOLVEDSIMULTANEOUS NOESY
1513D HNCO
1612D 1H-15N HSQC
1722D 1H-13C HSQC
1813D CBCA(CO)NH
1913D HN(CA)CB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.1 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] entity, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1.1 mMentity[U-5% 13C; U-100% 15N]2
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 25 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
XEASYBartels et al.peak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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