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- PDB-2jqx: Solution structure of Malate Synthase G from joint refinement aga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jqx
タイトルSolution structure of Malate Synthase G from joint refinement against NMR and SAXS data
要素Malate synthase G
キーワードTRANSFERASE / APO-MALATE SYNTHASE G / 82 KDA ENZYME / SAXS / SMALL-ANGLE X-RAY SCATTERING / RDC / RESIDUAL DIPOLAR COUPLING / residual chemical shift anisotropy / ALIGNMENT / deuteration
機能・相同性
機能・相同性情報


malate synthase / malate synthase activity / glyoxylate cycle / glyoxylate catabolic process / tricarboxylic acid cycle / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malate synthase G - maily-beta sub-domain / Malate synthase G - maily-beta sub-domain / : / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / : / : / Malate synthase, N-terminal domain / Malate synthase, C-terminal / Malate synthase G / Malate synthase, domain III ...Malate synthase G - maily-beta sub-domain / Malate synthase G - maily-beta sub-domain / : / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / : / : / Malate synthase, N-terminal domain / Malate synthase, C-terminal / Malate synthase G / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate synthase, N-terminal and TIM-barrel domains / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Malate synthase, C-terminal superfamily / Malate synthase / Malate synthase superfamily / Malate synthase, TIM barrel domain / Beta Complex / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, Cartesian molecular dynamics
データ登録者Grishaev, A. / Tugarinov, V. / Kay, L.E. / Trewhella, J. / Bax, A.
引用
ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2008
タイトル: Refined solution structure of the 82-kDa enzyme malate synthase G from joint NMR and synchrotron SAXS restraints
著者: Grishaev, A. / Tugarinov, V. / Kay, L.E. / Trewhella, J. / Bax, A.
#2: ジャーナル: PROC.NATL.ACAD.SCI.USA / 年: 2005
タイトル: Solution NMR-derived global fold of a monomeric 82-kDa enzyme
著者: Tugarinov, V. / Choy, W. / Orekhov, V.Y. / Kay, L.E.
#3: ジャーナル: J.AM.CHEM.SOC. / 年: 2005
タイトル: Refinement of multidomain protein structures by combination of solution small-angle X-ray scattering and NMR data
著者: Grishaev, A. / Wu, J. / Trewhella, J. / Bax, A.
履歴
登録2007年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
Remark 950THIS ENTRY 2JQX REFLECTS A JOINT MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN RCSB031242.MR PDB ENTRY 1Y8B ...THIS ENTRY 2JQX REFLECTS A JOINT MODELING OF THE STRUCTURAL DATA IN RCSB031242.MR PDB ENTRY 1Y8B AND ADDITIONAL SAX DATA. INFORMATION IN REMARK 210 SERIES IS BASED ON SAX AND THE EXPERIMENT DESCRIBED IN PDB ENTRY 1Y8B. ORIGINAL DATA DETERMINED BY AUTHOR: V.TUGARINOV, W.-Y.CHOY, V.Y.OREKHOV, L.E.KAY

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate synthase G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5651
ポリマ－80,5651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 5closest to the average
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Malate synthase G / MSG


分子量: 80565.344 Da / 分子数: 1 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: glcB, glc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37330, malate synthase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D TROSY-based NOESY
1214D TROSY-based NOESY
1313D TROSY-HNCO
NMR実験の詳細Text: Experimental small-angle X-ray scattering data were acquired at the beam line 4-2, SSRL, using incident radiation at the 8 keV and 1.25 m sample-to-detector distance. One-dimensional gas ...Text: Experimental small-angle X-ray scattering data were acquired at the beam line 4-2, SSRL, using incident radiation at the 8 keV and 1.25 m sample-to-detector distance. One-dimensional gas position-sensitive detector was used for data collection. EXPERIMENTAL NMR DATA used for structure refinement are THE SAME AS IN THE PDB DEPOSITION 1Y8B (citation 1). SAXS intensities OVER THE RANGE Q = 0.028 TO 0.780 A-1 were FITTED BY A supplementary MODULE as described in citation 2.

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試料調製

詳細内容: 0.17 mM [U-100% 15N], Ile CD1-[13CH3] MALATE SYNTHASE G, 20 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 150 mM sodium chloride, 100% H2O
溶媒系: 100% H2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.17 mMMALATE SYNTHASE G[U-100% 15N], Ile CD1-[13CH3]1
20 mMsodium phosphate1
5 mMDTT1
150 mMsodium chloride1
試料状態イオン強度: 170 / pH: 7.1 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
OTOKOKochデータ削減
PRIMUSSvergundata processing
精密化手法: simulated annealing, Cartesian molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: closest to the average
計算したコンフォーマーの数: 5 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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