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万見
- PDB-2jqo: NMR solution structure of Bacillus subtilis YobA 21-120: Northeas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jqo
タイトルNMR solution structure of Bacillus subtilis YobA 21-120: Northeast Structural Genomics Consortium target SR547
要素Hypothetical protein yobA
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / Protein / OB-fold / beta barrel / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Protein of unknown function DUF3221 / Protein of unknown function (DUF3221) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta / Uncharacterized protein YobA
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics, simulated annealing
データ登録者Cort, J.R. / Ramelot, T.A. / Chen, C.X. / Jang, M. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. ...Cort, J.R. / Ramelot, T.A. / Chen, C.X. / Jang, M. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR solution structure of Bacillus subtilis YobA 21-120: Northeast Structural Genomics Consortium target SR547
著者: Cort, J.R.
履歴
登録2007年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年9月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.62024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yobA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5281
ポリマ－12,5281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 25lowest energy, fewest restraint violations, favorable non-bonded parameters
代表モデルモデル #1no selection bias was used

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein yobA


分子量: 12528.110 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 21-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yobA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: O31835

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HBHA(CO)NH
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D HNHA
1813D HNCO
1913D CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY
11234D 1H-13C-13C-1H HMQC-NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity, 10 mM dithiothreitol, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.79 mM [U-100% N15]; 13C from 5% 13C-glucose in growth medium entity, 10 mM dithiothreitol, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.75 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] entity, 10 mM dithiothreitol, 5 mM calcium chloride, 100 mM sodium chloride, 20 mM ammonium acetate, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.75 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMdithiothreitol1
5 mMcalcium chloride1
100 mMsodium chloride1
20 mMammonium acetate1
0.02 %sodium azide1
0.79 mMentity[U-100% N15]; 13C from 5% 13C-glucose in growth medium2
10 mMdithiothreitol2
5 mMcalcium chloride2
100 mMsodium chloride2
20 mMammonium acetate2
0.02 %sodium azide2
0.75 mMentity[U-100% 13C; U-100% 15N]3
10 mMdithiothreitol3
5 mMcalcium chloride3
100 mMsodium chloride3
20 mMammonium acetate3
0.02 %sodium azide3
試料状態pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
SparkyGoddardデータ解析
FelixAccelrys Software Inc.解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
PSVSBhattacharya and Montelionestructure evaluation
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics, simulated annealing
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: no selection bias was used
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy, fewest restraint violations, favorable non-bonded parameters
計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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