PDB-2jqb: Solution structure of a novel D-amiNo acid containing conopeptide...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jqb

タイトル

Solution structure of a novel D-amiNo acid containing conopeptide, conomarphin at pH 5

要素

Conomarphin

キーワード

TOXIN / M cono-toxin / mr12 / NMR solution structure

機能・相同性

Conotoxin / Conotoxin / ion channel inhibitor activity / toxin activity / extracellular region / Conomarphin-Mr3

機能・相同性情報

生物種

Conus marmoreus (クロミナシ)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Huang, F. / Du, W. / Han, Y. / Wang, C. / Chi, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of a novel D-amiNo acid containing conopeptide, conomarphin at pH 5
著者: Huang, F.J. / Wang, B.H. / Du, W.H.

履歴

登録	2007年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年2月19日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_mod_residue.details / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status Item: _pdbx_database_status.deposit_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jqb.cif.gz	93.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jqb.ent.gz	64.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/2jqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/2jqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2jqc 2yyf
類似構造データ	1pxq-d 5wrd-4 1wnn-d 6dwt-d 1g8c-d 3ltu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 15272

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conomarphin

1.93 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Conomarphin / Marmophine 分子量: 1934.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide is naturally found in Conus marmoreus. / 由来: (合成) Conus marmoreus (クロミナシ) / 参照: UniProt: B2KPN7

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	2	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2.0 mM mr12 at pH5, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	2.0 mM mr12 at pH5, 20 mM potassium phosphate, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
2.0 mM	mr12 at pH5	1
20 mM	potassium phosphate	1
2.0 mM	mr12 at pH5	2
20 mM	potassium phosphate	2

試料状態

イオン強度: 20 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker Biospin	collection
TopSpin	1.3	Bruker Biospin	解析
Sparky	3.113	Goddard	データ解析
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	データ解析
Amber	9	Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Koll	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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