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- PDB-2jq3: Structure and Dynamics of Human Apolipoprotein C-III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jq3
タイトルStructure and Dynamics of Human Apolipoprotein C-III
要素Apolipoprotein C-III
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / ApoCIII / dynamics / apolipoprotein / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of high-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of cholesterol import / chylomicron assembly / chylomicron remodeling / lipase inhibitor activity / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of lipoprotein lipase activity / high-density lipoprotein particle receptor binding / spherical high-density lipoprotein particle / triglyceride catabolic process ...negative regulation of high-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of cholesterol import / chylomicron assembly / chylomicron remodeling / lipase inhibitor activity / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of lipoprotein lipase activity / high-density lipoprotein particle receptor binding / spherical high-density lipoprotein particle / triglyceride catabolic process / very-low-density lipoprotein particle assembly / negative regulation of lipid metabolic process / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / negative regulation of triglyceride catabolic process / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / intermediate-density lipoprotein particle / chylomicron remnant clearance / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / Chylomicron remodeling / Chylomicron assembly / lipoprotein metabolic process / chylomicron / high-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid efflux / very-low-density lipoprotein particle / reverse cholesterol transport / regulation of Cdc42 protein signal transduction / triglyceride homeostasis / HDL remodeling / retinoid metabolic process / cholesterol efflux / triglyceride metabolic process / cholesterol binding / negative regulation of lipid catabolic process / enzyme regulator activity / Retinoid metabolism and transport / cholesterol homeostasis / phospholipid binding / collagen-containing extracellular matrix / early endosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
NK-Lysin / Apolipoprotein CIII / Apolipoprotein CIII / Apolipoprotein CIII superfamily / Apolipoprotein CIII (Apo-CIII) / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Apolipoprotein C-III
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Gangabadage, C.S. / Zdunek, J. / Tessari, M. / Nilsson, S. / Olivecrona, G. / Wijmenga, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure and Dynamics of Human Apolipoprotein CIII
著者: Gangabadage, C.S. / Zdunek, J. / Tessari, M. / Nilsson, S. / Olivecrona, G. / Wijmenga, S.S.
履歴
登録2007年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.42024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apolipoprotein C-III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7741
ポリマ－8,7741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Apolipoprotein C-III / Apo-CIII / ApoC-III


分子量: 8773.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02656

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111CBCA(CO)NH
121HN(CA)CB
131HNCO
141HNHA
15115N NOESY HSQC
16115N HSQC NOESY HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] Apolipoprotein CIII, 180 mM [U-2H] SDS, 92% H2O/8% D2O
溶媒系: 92% H2O/8% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: Apolipoprotein CIII / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 0.3 / pH: 5.0 / 圧: ambient / 温度: 315.7 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.peak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxbackbone torsion angles from chemical shifts
X-PLOR NIH2.1Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorerestr. md caclulations
Monte_Carlo_scriptS.Wijmenga (unpublished)monte carlo simulation to fit helical structures to experimental rdc's
Protein Constructorunder development)program for positioning helices on the micelle
Protein Constructorunder development)caclulations of hydropobic moment directions
Protein Constructorunder development)inverse kinematic for junction of helices, rdc simulation
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Simulated annealing using IVM algorithm available within XPLOR-NIH (2.10) followed by energy minimization. IVM dynamics (XPLOR-NIH) with restraining terms: noe, cdih, jcoup, rdc and 7 ...詳細: Simulated annealing using IVM algorithm available within XPLOR-NIH (2.10) followed by energy minimization. IVM dynamics (XPLOR-NIH) with restraining terms: noe, cdih, jcoup, rdc and 7 positional restraints (appr. one CA atom per helix near the middle of each helix).
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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