+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2jpx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A18H Vpu TM structure in lipid bilayers | ||||||
要素 | Vpu protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / A18H Vpu / trans-membrane / ion-channel / helix tilt / lipid bilayers | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 receptor catabolic process / CD4 receptor binding / host cell membrane / viral release from host cell / monoatomic cation channel activity / suppression by virus of host tetherin activity / membrane => GO:0016020 / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / apoptotic process / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR / structural fitting | ||||||
データ登録者 | Park, S. / Opella, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007 タイトル: Conformational changes induced by a single amino acid substitution in the trans-membrane domain of Vpu: implications for HIV-1 susceptibility to channel blocking drugs 著者: Park, S.H. / Opella, S.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2jpx.cif.gz | 44.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2jpx.ent.gz | 22.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2jpx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2jpx_validation.pdf.gz | 318.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2jpx_full_validation.pdf.gz | 377.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2jpx_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2jpx_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/2jpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/2jpx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3809.758 Da / 分子数: 1 / 変異: A18H / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: BH 10 isolate / 遺伝子: vpu / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76PP7, UniProt: P69699*PLUS |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
---|---|
NMR実験 | タイプ: 2D 15N chemical shift/1H-15N dipolar coupling separated local field (SAMPI4) |
-試料調製
詳細 | 内容: 2 mg/mL [U-99% 15N] A18H Vpu TM, 100% H2O / 溶媒系: 100% H2O |
---|---|
試料 | 濃度: 2 mg/mL / 構成要素: A18H Vpu TM / Isotopic labeling: [U-99% 15N] |
試料状態 | イオン強度: 0 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 313 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: structural fitting / ソフトェア番号: 1 詳細: Nevzorov, A.A., and Opella, S.J. 2003. Structural fitting of PISEMA spectra of aligned proteins. J Magn Reson 160: 33-39. | |||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |