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万見
- PDB-2jp0: Solution structure of the N-terminal extraceullular domain of the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jp0
タイトルSolution structure of the N-terminal extraceullular domain of the lymphocyte receptor CD5 calculated using inferential structure determination (ISD)
要素T-cell surface glycoprotein CD5
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD5 / domain 1 / scavenger receptor cysteine rich / SRCR / Inferential Structure Determination
機能・相同性
機能・相同性情報


cell recognition / T cell costimulation / apoptotic signaling pathway / signaling receptor activity / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell surface glycoprotein CD5 / Mac-2 Binding Protein / SRCR-like domain / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Inferential structure determination
データ登録者Garza-Garcia, A. / Harris, R. / Esposito, D. / Driscoll, P.C. / Rieping, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Three-dimensional solution structure and conformational plasticity of the N-terminal scavenger receptor cysteine-rich domain of human CD5
著者: Garza-Garcia, A. / Esposito, D. / Rieping, W. / Harris, R. / Briggs, C. / Brown, M.H. / Driscoll, P.C.
履歴
登録2007年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7591
ポリマ－14,7591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD5 / Lymphocyte antigen T1/Leu- 1


分子量: 14758.563 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-134 / 変異: V88D, V97K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD5, LEU1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06127

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1313D 1H-15N TOCSY
1422D 1H-15N HSQC
1523D HNCA
1623D HNCO
1723D HA(CACO)NH
1823D CBCA(CO)NH
1923D HN(CA)CB
11032D 1H-13C HSQC
11133D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-15N] CD5d1, 50 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-13C; U-15N] CD5d1, 1 mM EDTA, 50 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-13C; U-15N] CD5d1, 1 mM EDTA, 50 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCD5d1[U-15N]1
50 mMsodium phosphate1
200 mMsodium chloride1
1 mMEDTA1
1 mMCD5d1[U-13C; U-15N]2
1 mMEDTA2
50 mMsodium phosphate2
200 mMsodium chloride2
1 mMCD5d1[U-13C; U-15N]3
1 mMEDTA3
50 mMsodium phosphate3
200 mMsodium chloride3
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 5.0 / 圧: ambient / 温度: 318 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS5002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe3.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
ANSIG3.3Kraulisデータ解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
Inferential_Structure_DeterminationRieping精密化
精密化手法: Inferential structure determination / ソフトェア番号: 1
詳細: A Bayesian inference was used to derive a probabilty distribution that represents the structure and its precision.
NMR constraintsNOE constraints total: 1092 / NOE intraresidue total count: 390 / NOE long range total count: 318 / NOE medium range total count: 92 / NOE sequential total count: 292 / Disulfide bond constraints total count: 8 / Hydrogen bond constraints total count: 68
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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