PDB-2jor: NMR Solution Structure, Stability, and Interaction of the Recombi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jor

タイトル

NMR Solution Structure, Stability, and Interaction of the Recombinant Bovine Fibrinogen alphaC-Domain Fragment

要素

Fibrinogen alpha chain

キーワード

BLOOD CLOTTING / Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

blood coagulation, common pathway / fibrinogen complex / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / protein polymerization / fibrinolysis / platelet aggregation / protein-macromolecule adaptor activity / adaptive immune response / innate immune response / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing

データ登録者

Burton, R.A. / Tsurupa, G. / Roy, H. / Nico, T. / Leonid, M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: NMR Solution Structure, Stability, and Interaction of the Recombinant Bovine Fibrinogen alphaC-Domain Fragment
著者: Burton, R.A. / Tsurupa, G. / Hantgan, R.R. / Tjandra, N. / Medved, L.

履歴

登録	2007年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status Item: _pdbx_database_status.deposit_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jor.cif.gz	470.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jor.ent.gz	389.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jor_validation.pdf.gz	345.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jor_full_validation.pdf.gz	515.8 KB	表示
XML形式データ	2jor_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	2jor_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/2jor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/2jor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2baf
類似構造データ	3lwe-3 6z4u-d 2ep4-d 5po2-2 5psq-2 5pph-2 5s8q-1 5pri-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (7) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (4) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Fibrinogen alpha chain

8.97 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 500	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Fibrinogen alpha chain 分子量: 8974.674 Da / 分子数: 1 / 断片: ALPHA-C DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: FGA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P02672

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HN(CA)CB
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D 1H-15N NOESY
1	5	1	3D C(CO)NH
1	6	1	2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細	内容: 150 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 10 mM KPO4 pH 6.5, 150 mM NaCl, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 150 uM / 構成要素: entity_1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態	イオン強度: 150 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 282 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software	名称: X-PLOR NIH / 開発者: Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore / 分類: 精密化
精密化	手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造	選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル	コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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