[日本語] English
万見
- PDB-2jon: Solution structure of the C-terminal domain Ole e 9 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jon
タイトルSolution structure of the C-terminal domain Ole e 9
要素Beta-1,3-glucanase
キーワードALLERGEN / olive pollen
機能・相同性
機能・相同性情報


(1->3)-beta-D-glucan catabolic process / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / protein homodimerization activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 17, plant / X8 domain / X8 domain / Possibly involved in carbohydrate binding / Glycoside hydrolase family 17 / Glycosyl hydrolases family 17 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Olea europaea (オリーブ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Trevino, M.A. / Palomares, O. / Castrillo, I. / Villalba, M. / Rodriguez, R. / Rico, M. / Santoro, J. / Bruix, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Solution structure of the C-terminal domain of Ole e 9, a major allergen of olive pollen
著者: Trevino, M.A. / Palomares, O. / Castrillo, I. / Villalba, M. / Rodriguez, R. / Rico, M. / Santoro, J. / Bruix, M.
履歴
登録2007年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999 SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE AT THE UNP ... SEQUENCE AT THE TIME OF PROCESSING, THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN IS NOT AVAILABLE AT THE UNP SEQUENCE DATABASE.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-1,3-glucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5961
ポリマ－10,5961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Beta-1,3-glucanase


分子量: 10595.590 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Olea europaea (オリーブ) / 遺伝子: OLE9 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71 / 参照: UniProt: Q94G86
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H COSY
1212D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H COSY
1522D 1H-1H TOCSY
1622D 1H-1H NOESY
2712D 1H-1H COSY
2812D 1H-1H TOCSY
2912D 1H-1H NOESY
21022D 1H-1H COSY
21122D 1H-1H TOCSY
21222D 1H-1H NOESY
11332D 1H-15N HSQC
11442D 1H-13C HSQC
11543D CBCA(CO)NH
11643D HN(CO)CA
11743D (H)CCH-TOCSY
11843D 1H-13C NOESY
11933D HNHA
12033D 1H-15N NOESY
12143D CBCANH
12243D HNCA
12343D HACANH

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM CtD-Ole e 9, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM CtD-Ole e 9, 100% D2O100% D2O
30.7 mM [U-15N] CtD-Ole e 9, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.7 mM [U-13C; U-15N] CtD-Ole e 9, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMCtD-Ole e 91
0.7 mMCtD-Ole e 92
0.7 mMCtD-Ole e 9[U-15N]3
0.7 mMCtD-Ole e 9[U-13C; U-15N]4
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
106ambient 298 K
206ambient 283 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
XwinNMRBruker Biospin解析
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift calculation
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
MARSJungchemical shift assignment
MARSJungデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichstructures drawing
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichstructure analysis
Procheck4.3.3Laskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, and Mossstructure analysis
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichnoe assigment
PREDITOR(PREDITOR) Berjanskii, Neal and Wishartdihedral angle prediction
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 273 / Protein psi angle constraints total count: 61
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 14.57 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.35 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る