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万見
- PDB-2jnr: Discovery and optimization of a natural HIV-1 entry inhibitor tar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jnr
タイトルDiscovery and optimization of a natural HIV-1 entry inhibitor targeting the gp41 fusion peptide
要素
  • ENV polyprotein
  • VIR165
キーワードVIRAL PROTEIN / Peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsComplex of VIR165 and FP1-23
Model type detailsminimized average
データ登録者Munch, J. / Standker, L. / Adermann, K. / Schulz, A. / Pohlmann, S. / Chaipan, C. / Biet, T. / Peters, T. / Meyer, B. / Wilhelm, D. ...Munch, J. / Standker, L. / Adermann, K. / Schulz, A. / Pohlmann, S. / Chaipan, C. / Biet, T. / Peters, T. / Meyer, B. / Wilhelm, D. / Lu, H. / Jing, W. / Jiang, S. / Forssmann, W. / Kirchhoff, F.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Discovery and Optimization of a Natural HIV-1 Entry Inhibitor Targeting the gp41 Fusion Peptide.
著者: Munch, J. / Standker, L. / Adermann, K. / Schulz, A. / Schindler, M. / Chinnadurai, R. / Pohlmann, S. / Chaipan, C. / Biet, T. / Peters, T. / Meyer, B. / Wilhelm, D. / Lu, H. / Jing, W. / ...著者: Munch, J. / Standker, L. / Adermann, K. / Schulz, A. / Schindler, M. / Chinnadurai, R. / Pohlmann, S. / Chaipan, C. / Biet, T. / Peters, T. / Meyer, B. / Wilhelm, D. / Lu, H. / Jing, W. / Jiang, S. / Forssmann, W.G. / Kirchhoff, F.
履歴
登録2007年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
Remark 999 SEQUENCE The author states that VIR-165 is a modified form of VIRus-Inhibitory Peptide, VIRIP ... SEQUENCE The author states that VIR-165 is a modified form of VIRus-Inhibitory Peptide, VIRIP which corresponds exactly to residues 353-372 of human alpha1-antitrypsin (UNP entry P01009). VIR-165 (LEAIPCSIPPCFAFNKPFVF) differs from VIRIP (LEAIPMSIPPEVKFNKPFVF) by three amino acid changes that enhance its ability to inhibit infection by human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VIR165
B: ENV polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3672
ポリマ－4,3672
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VIR165


分子量: 2241.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: VIR-165 is a modified form of the VIRus-Inhibitory Peptide (VIRIP) which naturally occurs in human plasma.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質・ペプチド ENV polyprotein / FP1-23


分子量: 2125.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q72502

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Complex of VIR165 and FP1-23
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D DQF-COSY
1312D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細内容: 0.75 mM VIR165, 0.75 mM FP1-23, 3%DMSO added, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.75 mMVIR1651
0.75 mMFP1-231
試料状態イオン強度: 0 / pH: 4.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX7001
Bruker DRXBrukerDRX5002
Bruker DPXBrukerDPX2503

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解析

NMR software名称: SYBYL / 開発者: Tripos / 分類: 精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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