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- PDB-2jn0: Solution NMR structure of the ygdR protein from Escherichia coli.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jn0
タイトルSolution NMR structure of the ygdR protein from Escherichia coli. Northeast Structural Genomics target ER382A.
要素Hypothetical lipoprotein ygdR
キーワードMEMBRANE PROTEIN / solution NMR structure / Hypothetical Lipoprotein / PSI-2 target / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function DUF903 / : / Bacterial protein of unknown function (DUF903) / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized lipoprotein YgdR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Rossi, P. / Chen, C.X. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J.C. / Baran, M. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. ...Rossi, P. / Chen, C.X. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J.C. / Baran, M. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the ygdR protein from Escherichia coli. Northeast Structural Genomics target ER382A.
著者: Rossi, P. / Chen, C.X. / Jiang, M. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Swapna, G.V.T. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T.
履歴
登録2006年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.62024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical lipoprotein ygdR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0521
ポリマ－7,0521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical lipoprotein ygdR


分子量: 7051.722 Da / 分子数: 1 / 断片: Hypothetical lipoprotein ygdR, residues 2-53 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ygdR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: P65294

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HN(CA)CB
1513D HBHA(CO)NH
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D HN(COCA)CB
11013D (H)CCH-COSY
11113D CCH-TOCSY
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. MONOMER IN SOLUTION BY NMR TC = 8.2 +/- 1.0 NS (1D T1/T1RHO +/- FIT STD). POSSIBLE CIS PEPTIDE RES. 20K-21P. COULD NOT BE ANAMBIGUOSLY ...Text: STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. MONOMER IN SOLUTION BY NMR TC = 8.2 +/- 1.0 NS (1D T1/T1RHO +/- FIT STD). POSSIBLE CIS PEPTIDE RES. 20K-21P. COULD NOT BE ANAMBIGUOSLY ESTABLISHED DUE TO SPECTRAL OVERLAP. COORDINATES REPORTED FROM RESIDUE 4 TO 53 SECTION BASED ON ORDER PARAMETER. MANUAL RESONANCE ASSIGNMENT. 13C AND 15N EDITED NOESY WERE WERE ASSIGNED USING AUTOSTRUCTURE. DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS DETERMINED BY HYPER AND TALOS. ASSIGNMENT STATS (EXCLUDING C-TERM TAG): BACKBONE 80.4%, SIDECHAIN 77.7%, AROMATIC (SC) 100%, VL METHYL STEREOSP. 80%. STRUCTURE QUALITY FACTOR PSVS 1.3: ORDERED RESIDUES RANGES B-STRAND (14-16, 6-9, 47-49, 22-24, 29-33, 39-43, 65, 50-51, 56-57) [S(PHI)+S(PSI)]>1.8. RMSD 0.6 BB, 1.1 ALL HEAVY ATOMS. RAMA: 84.1% MOST FAV, 13.6% ADDTL.ALL.,2.2% GEN. ALL.,0.1% DISALL. PROCHECK (PSI-PHI): 0.75/-2.64 (RAW/Z), PROCHECK (ALL): -0.6/-3.55 (RAW/Z), MOLPROBITY CLASH: 23.61/- 2.53 (RAW/Z). RPF SCORES ALL ASSIGNED RESIDUES (FIT OF NOESY PEAKLISTS TO STRUCTURE): RECALL: 0.925, PRECISION: 0.916, F-MEASURE: 0.921, DP-SCORE: 0.731. MONOMER BY LIGHT SCATTERING

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試料調製

詳細内容: 1.17 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ER382A, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 0.1 M NaCl, 20 mM MES, 0.02 % sodium azide
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.17 mMER382A[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMDTT1
5 mMCaCl21
0.1 MNaCl1
20 mMMES1
0.02 %sodium azide1
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSSOLVE1.1BRUNGER, et. al.精密化
X-PLOR2.11.2CLORE et. al.精密化
PROCHECK NMR3.51LASKOWSKI, MACARTHUR精密化
MolProbity3.01LOVELL, RICHARDSON ET. AL.精密化
QUEEN1.1NABUURS, VUISTER精密化
PSVS1.3BHATTACHARYA, MONTELIONE精密化
AutoStructure2.1.1構造決定
NMRPipe構造決定
Sparky構造決定
MOLMOL構造決定
CNS構造決定
PROCHECK構造決定
XPLOR-NIH構造決定
DIANA構造決定
QUEEN1.1構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: NOESY ASSIGNMENT MADE WITH ITERATIVE METHOD USING CNS, HYPER (DIHEDRAL) AND DYANA FOLLOWED BY NIH- XPLOR FOR SIMMULATED ANNEALING MD. CONVERGED STRUCTURES WERE FURTHER MINIMIZED USING CNS IN ...詳細: NOESY ASSIGNMENT MADE WITH ITERATIVE METHOD USING CNS, HYPER (DIHEDRAL) AND DYANA FOLLOWED BY NIH- XPLOR FOR SIMMULATED ANNEALING MD. CONVERGED STRUCTURES WERE FURTHER MINIMIZED USING CNS IN EXPLICIT H2O SHELL (NILGES PROTOCOL). FULL LENGTH SEQUENCE WAS CARRIED THROUGH THE REFINEMENT PROTOCOL. COORDINATES FROM DISORDERED REGIONS, INCLUDING HEXHIS TAG, WERE NOT REPORTED. STRUCTURE IS BASED ON 439 CONSTRAINTS (216 LONG RANGE), 43 DIHEDRAL AND 20 H-BOND.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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