[日本語] English
万見
- PDB-2jmp: Structure for the N-terminus of chromosomal replication initiatio... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jmp
タイトルStructure for the N-terminus of chromosomal replication initiation protein dnaA from M. genitalium
要素Chromosomal replication initiator protein dnaA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / N-terminal / protein / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / DNA replication / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DnaA N-terminal domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal / Chromosomal replication control, initiator DnaA, conserved site / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix / DnaA protein signature. / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain ...DnaA N-terminal domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA / Chromosomal replication initiator, DnaA C-terminal / Chromosomal replication control, initiator DnaA, conserved site / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix / DnaA protein signature. / Bacterial dnaA protein helix-turn-helix domain / Chromosomal replication control, initiator DnaA-like / Chromosomal replication initiator protein DnaA / Bacterial DnaA ATPAse domain / Trp repressor/replication initiator / K homology (KH) domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / K homology domain-like, alpha/beta / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromosomal replication initiator protein DnaA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma genitalium (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Lowery, T.J. / Pelton, J.G. / Wemmer, D.E. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2007
タイトル: NMR structure of the N-terminal domain of the replication initiator protein DnaA.
著者: Lowery, T.J. / Pelton, J.G. / Chandonia, J.M. / Kim, R. / Yokota, H. / Wemmer, D.E.
履歴
登録2006年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月18日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.62024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chromosomal replication initiator protein dnaA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3441
ポリマ－12,3441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Chromosomal replication initiator protein dnaA


分子量: 12343.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma genitalium (バクテリア)
遺伝子: dnaA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35888

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HNCA
1323D CBCA(CO)NH
1423D HN(CA)CB
1523D HNCO
1623D C(CO)NH
1723d HN(CA)CO
1813D HNHA
1923D HN(CA)CO
11023D H(CCO)NH
11113D 1H-15N TOCSY
11223D (H)CCH-TOCSY
11323D H(CCO)NH
11423D HBHA(CO)NH
11513D 1H-15N NOESY
11613D HNHA
11743D 1H-13C NOESY
11843D 1H-13C NOESY
11944D (H)CCH NOESY
12052D 1H-13C HSQC
12132D 1H-1H NOESY
12232D DQF-COSY
12332D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.75 mM [U-100% 15N] N_dnaA, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.75 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] N_dnaA, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.75 mM N_dnaA, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.75 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] N_dnaA, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 0.05 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
50.75 mM 10% 13C-labeled N_dnaA, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 0.05 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.75 mMN_dnaA[U-100% 15N]1
50 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
2 mMEDTA1
0.05 %sodium azide1
0.75 mMN_dnaA[U-98% 13C; U-98% 15N]2
50 mMsodium phosphate2
100 mMsodium chloride2
2 mMEDTA2
0.05 %sodium azide2
0.75 mMN_dnaA3
50 mMsodium phosphate3
100 mMsodium chloride3
2 mMEDTA3
0.05 %sodium azide3
0.75 mMN_dnaA[U-98% 13C; U-98% 15N]4
50 mMsodium phosphate4
100 mMsodium chloride4
2 mMEDTA4
0.05 %sodium azide4
0.75 mMN_dnaA10% 13C-labeled5
50 mMsodium phosphate5
100 mMsodium chloride5
2 mMEDTA5
0.05 %sodium azide5
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipe2.5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
CARA1.5.5Rochus Keller & Datonal AGchemical shift assignment
X-PLOR NIH2.11.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.11.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were calculated starting from random coordinates. Starting structures were subjected to 2000 steps of high temp (50,000 K) torsion-angle simulated annealing, followed by 2000 ...詳細: Structures were calculated starting from random coordinates. Starting structures were subjected to 2000 steps of high temp (50,000 K) torsion-angle simulated annealing, followed by 2000 torsion angle-based cooling steps, 2000 cartesian-based cooling steps, and 1000 steps of Powell energy minimization.
NMR constraintsNOE constraints total: 742 / NOE intraresidue total count: 286 / NOE long range total count: 159 / NOE medium range total count: 103 / NOE sequential total count: 194 / Hydrogen bond constraints total count: 50 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 46 / Protein psi angle constraints total count: 0
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 3.9 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.26 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.014 Å / Distance rms dev error: 0.002 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る