[日本語] English
万見
- PDB-2jmk: Solution structure of ta0956 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jmk
タイトルSolution structure of ta0956
要素Hypothetical protein Ta0956
キーワードPROTEIN BINDING / Hypothetical Protein
機能・相同性Thermoplasma acidophilum protein TA0956 / Thermoplasma acidophilum protein TA0956 / TA0956 superfamily / Thermoplasma acidophilum protein TA0956 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Koo, B. / Jung, J. / Jung, H. / Nam, H. / Kim, Y. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Lee, W.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Solution structure of the hypothetical novel-fold protein TA0956 from Thermoplasma acidophilum
著者: Koo, B.K. / Jung, J. / Jung, H. / Nam, H.W. / Kim, Y.S. / Yee, A. / Lee, W.
履歴
登録2006年11月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein Ta0956


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6301
ポリマ－12,6301
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein Ta0956


分子量: 12629.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: ta0956 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HJL1

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1212D 1H-15N HSQC
1322D 1H-13C HSQC
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D HNCO
1713D HNCA
1823D (H)CCH-TOCSY
1923D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ta0956, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.01 w/v sodium azide, 0.01 w/v DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] ta0956, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 0.01 w/v sodium azide, 0.01 w/v DSS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMta0956[U-98% 13C; U-98% 15N]1
20 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
5 mMDTT1
0.01 w/vsodium azide1
0.01 w/vDSS1
1.5 mMta0956[U-98% 13C; U-98% 15N]2
20 mMsodium phosphate2
100 mMsodium chloride2
5 mMDTT2
0.01 w/vsodium azide2
0.01 w/vDSS2
試料状態イオン強度: 373.15 / pH: 6.5 / 圧: Ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker AMXBrukerAMX8002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1GUNTERT精密化
CYANADelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XwinNMRBruker Biospincollection
SparkyGoddard構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る