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万見
- PDB-2jmi: NMR solution structure of PHD finger fragment of Yeast Yng1 prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jmi
タイトルNMR solution structure of PHD finger fragment of Yeast Yng1 protein in free state
要素Protein YNG1
キーワードPROTEIN BINDING / PHD / Histone / Recognition / Yeast
機能・相同性
機能・相同性情報


PI5P Regulates TP53 Acetylation / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / SUMOylation of transcription cofactors / histone H3K4me3 reader activity / : / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / chromatin organization / chromatin remodeling / DNA-templated transcription ...PI5P Regulates TP53 Acetylation / NuA3a histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / SUMOylation of transcription cofactors / histone H3K4me3 reader activity / : / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / chromatin organization / chromatin remodeling / DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
ING family / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Ilin, S. / Taverna, S.D. / Rogers, R.S. / Tanny, J.C. / Lavender, H. / Li, H. / Baker, L. / Boyle, J. / Blair, L.P. / Chait, B.T. ...Ilin, S. / Taverna, S.D. / Rogers, R.S. / Tanny, J.C. / Lavender, H. / Li, H. / Baker, L. / Boyle, J. / Blair, L.P. / Chait, B.T. / Patel, D.J. / Aitchison, J.D. / Tackett, A.J. / Allis, C.D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Yng1 PHD finger binding to H3 trimethylated at K4 promotes NuA3 HAT activity at K14 of H3 and transcription at a subset of targeted ORFs
著者: Taverna, S.D. / Ilin, S. / Rogers, R.S. / Tanny, J.C. / Lavender, H. / Li, H. / Baker, L. / Boyle, J. / Blair, L.P. / Chait, B.T. / Patel, D.J. / Aitchison, J.D. / Tackett, A.J. / Allis, C.D.
履歴
登録2006年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein YNG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4003
ポリマ－10,2701
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 85structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Protein YNG1 / ING1 homolog 1


分子量: 10269.640 Da / 分子数: 1 / 断片: PHD finger / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YNG1 / プラスミド: pGex-4T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08465
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D HN(CO)CA
1813D HBHA(CO)NH
1933D (H)CCH-TOCSY
11023D 1H-15N NOESY
11133D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.54 mM [U-13C, U-15N] YNG1_PHD, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6 mM [U-15N] YNG1_PHD, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
30.54 mM [U-13C, U-15N] YNG1_PHD, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.54 mMYNG1_PHD[U-13C; U-15N]1
0.6 mMYNG1_PHD[U-15N]2
0.54 mMYNG1_PHD[U-13C; U-15N]3
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 20 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospinデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CARAKeller and Wuthrich構造決定
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 85 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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