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- PDB-2jmd: Solution Structure of the Ring Domain of Human TRAF6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jmd
タイトルSolution Structure of the Ring Domain of Human TRAF6
要素TNF receptor-associated factor 6
キーワードLIGASE / Protein / Zinc-binding / human TNF receptor-associated factor 6 / Zn2+ coordination
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-17A-mediated signaling pathway / protein kinase B binding / CD40 signaling pathway / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / interleukin-17-mediated signaling pathway / activation of protein kinase activity / protein branched polyubiquitination / interleukin-33-mediated signaling pathway ...interleukin-17A-mediated signaling pathway / protein kinase B binding / CD40 signaling pathway / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / interleukin-17-mediated signaling pathway / activation of protein kinase activity / protein branched polyubiquitination / interleukin-33-mediated signaling pathway / CD40 receptor complex / toll-like receptor 3 signaling pathway / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / Regulated proteolysis of p75NTR / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of immunoglobulin production / ubiquitin conjugating enzyme binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / interleukin-1-mediated signaling pathway / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / T-helper 1 type immune response / toll-like receptor 4 signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / cellular response to cytokine stimulus / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of JUN kinase activity / TRAF6 mediated NF-kB activation / autophagosome assembly / protein K63-linked ubiquitination / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type I interferon production / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / bone resorption / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / p75NTR recruits signalling complexes / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / protein autoubiquitination / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / positive regulation of protein ubiquitination / lipid droplet / signaling adaptor activity / positive regulation of T cell proliferation / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of interleukin-12 production / antiviral innate immune response / positive regulation of interleukin-2 production / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Regulation of NF-kappa B signaling / response to interleukin-1 / ossification / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / neural tube closure / positive regulation of JNK cascade / CLEC7A (Dectin-1) signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / FCERI mediated NF-kB activation / positive regulation of T cell cytokine production / RING-type E3 ubiquitin transferase / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Interleukin-1 signaling / positive regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / cytoplasmic side of plasma membrane / histone deacetylase binding / Ovarian tumor domain proteases / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Downstream TCR signaling / ubiquitin protein ligase activity / PIP3 activates AKT signaling / T cell receptor signaling pathway / cellular response to lipopolysaccharide / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cell cortex / protein-macromolecule adaptor activity / regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
TNF receptor-associated factor 6, zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 / TNF receptor-associated factor 6, MATH domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. ...TNF receptor-associated factor 6, zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 zinc finger 2 / TNF receptor-associated factor 6 / TNF receptor-associated factor 6, MATH domain / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TNF receptor-associated factor 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Mercier, P. / Lewis, M.J. / Hau, D.D. / Saltibus, L.F. / Xiao, W. / Spyracopoulos, L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / : 2007
タイトル: Structure, interactions, and dynamics of the RING domain from human TRAF6
著者: Mercier, P. / Lewis, M.J. / Hau, D.D. / Saltibus, L.F. / Xiao, W. / Spyracopoulos, L.
履歴
登録2006年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1453
ポリマ-7,0141
非ポリマー1312
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / 50all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 TNF receptor-associated factor 6 / Interleukin 1 signal transducer / RING finger protein 85 / hTRAF6


分子量: 7014.247 Da / 分子数: 1 / 断片: RING-type domain, residues 66-124 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAF6, RNF85 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL23DE3 / 参照: UniProt: Q9Y4K3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HNCA
1313D HN(CA)CB
1413D HNHA
1513D HNHB
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1912D 1H-13C HSQC
11012D 1H-15N HSQC
11113D HACA(CO)CANHh
11213D H(CC)-TOCSY-(CO)NNH
11313D (H)CCTOCSY(CO)NNH
11412D (HB)CB(CGCD)HD
11512D (HB)CB(CGCDCE)HE
11613D HNN(CO,CA)

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-99% 13C, U-99% 15N] hTRAF6, 50 mM phosphate, 150 mM NaCl, pH 7.5, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: hTRAF6 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 7.5 / : ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRView6.5Johnson構造決定
ProcheckNMR3.5.4Laskowski and MacArthurデータ解析
X-PLOR NIH2.15Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.15Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
VnmrJ2.1Variancollection
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Cyana's internal protocol and refinement of Cyana's structures in explicit solvent using XPLOR-NIH
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 50 / Maximum lower distance constraint violation: 0.3 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.1 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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