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万見
- PDB-2jlp: Crystal structure of human extracellular copper-zinc superoxide d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jlp
タイトルCrystal structure of human extracellular copper-zinc superoxide dismutase.
要素EXTRACELLULAR SUPEROXIDE DISMUTASE (CU-ZN)
キーワードOXIDOREDUCTASE / GLYCOLISATION / HEPARIN BINDING / HEPARIN-BINDING / OXIDATIVE STRESS / ANTIOXIDANT / GLYCOPROTEIN / METAL-BINDING / CU-ZN / SECRETED / GLYCATION
機能・相同性
機能・相同性情報


response to copper ion / superoxide dismutase / Detoxification of Reactive Oxygen Species / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / Golgi lumen / heparin binding / cellular response to oxidative stress / collagen-containing extracellular matrix / response to hypoxia ...response to copper ion / superoxide dismutase / Detoxification of Reactive Oxygen Species / superoxide dismutase activity / removal of superoxide radicals / Golgi lumen / heparin binding / cellular response to oxidative stress / collagen-containing extracellular matrix / response to hypoxia / copper ion binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 1. / Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / THIOCYANATE ION / Extracellular superoxide dismutase [Cu-Zn]
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Marklund, S.L. / Hasnain, S.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Structure of Human Extracellular Copper-Zinc Superoxide Dismutase at 1.7 A Resolution: Insights Into Heparin and Collagen Binding.
著者: Antonyuk, S.V. / Strange, R.W. / Marklund, S.L. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2008年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32020年3月4日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EXTRACELLULAR SUPEROXIDE DISMUTASE (CU-ZN)
B: EXTRACELLULAR SUPEROXIDE DISMUTASE (CU-ZN)
C: EXTRACELLULAR SUPEROXIDE DISMUTASE (CU-ZN)
D: EXTRACELLULAR SUPEROXIDE DISMUTASE (CU-ZN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,41914
ポリマ－96,7874
非ポリマー63210
水16,015889
1
A: EXTRACELLULAR SUPEROXIDE DISMUTASE (CU-ZN)
B: EXTRACELLULAR SUPEROXIDE DISMUTASE (CU-ZN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7107
ポリマ－48,3942
非ポリマー3165
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15040 Å2
手法PISA
2
C: EXTRACELLULAR SUPEROXIDE DISMUTASE (CU-ZN)
D: EXTRACELLULAR SUPEROXIDE DISMUTASE (CU-ZN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7107
ポリマ－48,3942
非ポリマー3165
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.738, 93.588, 75.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
EXTRACELLULAR SUPEROXIDE DISMUTASE (CU-ZN) / EXTRACELLULAR COPPER-ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE / EC-SOD


分子量: 24196.838 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
組織 (発現宿主): OVARY / 参照: UniProt: P08294, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 889 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ELECTRON DENSITY AND WATER NETWORK IS IN AGREEMENT WITH THR IN POSITION 40

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: PEG3350, THIOCYANATE, BIS-TRIS PROPANE PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→28.2 Å / Num. obs: 81056 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C9V

2c9v


解像度: 1.7→28.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.546 / SU ML: 0.061 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 4057 5 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.152 76936 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.24 Å20 Å2-0.56 Å2
2--1.29 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4954 0 14 889 5857
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0215245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.711.9357162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9963.0038632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8375706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.622.549255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.71115734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2871557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2620.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2280.24127
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.22502
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22831
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1340.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3120.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.011.53384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66725376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.47531861
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8344.51768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 221 -
Rwork0.233 4520 -
obs--76.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6876-0.3396-0.04171.3508-0.06391.41290.01540.16160.0776-0.02470.02550.1021-0.05-0.086-0.0408-0.17370.00680.001-0.15940.043-0.159521.985-0.01116.451
21.96170.39080.58321.84080.71561.79520.02650.3487-0.162-0.07950.1249-0.3091-0.00630.1864-0.1514-0.15540.0040.0168-0.0997-0.0628-0.100442.348-39.68212.747
32.8471-0.0944-0.21962.13830.8181.71260.016-0.0905-0.15890.3342-0.10960.16720.2323-0.16490.0936-0.1183-0.03180.034-0.1726-0.0064-0.154420.728-37.19927.711
43.4376-0.63830.34651.8127-0.28421.3166-0.1081-0.2170.01480.2760.0031-0.188-0.1060.08950.1051-0.1356-0.0006-0.0359-0.18210.0239-0.129644.066-5.35630.422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A39 - 204
2X-RAY DIFFRACTION2D39 - 204
3X-RAY DIFFRACTION3C39 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4B39 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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