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- PDB-2jlf: STRUCTURAL EXPLANATION FOR THE ROLE OF MN IN THE ACTIVITY OF PHI6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jlf
タイトルSTRUCTURAL EXPLANATION FOR THE ROLE OF MN IN THE ACTIVITY OF PHI6 RNA- DEPENDENT RNA POLYMERASE
要素RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
キーワードTRANSFERASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / METAL-BINDING / RNA POLYMERASE / RNA REPLICATION / VIRION / MANGANESE / MAGNESIUM / VIRAL POLYMERASE / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA uridylyltransferase activity / virion component / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phage p2 RNA dependent RNA polymerase domain / Alpha-Beta Plaits - #1600 / Dihydrolipoamide Transferase / Dihydrolipoamide Transferase - #10 / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / Other non-globular / Globin-like ...Phage p2 RNA dependent RNA polymerase domain / Alpha-Beta Plaits - #1600 / Dihydrolipoamide Transferase / Dihydrolipoamide Transferase - #10 / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / Other non-globular / Globin-like / Special / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PHAGE PHI6 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Poranen, M.M. / Salgado, P.S. / Koivunen, M.R.L. / Wright, S. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Structural Explanation for the Role of Mn2+ in the Activity of {Phi}6 RNA-Dependent RNA Polymerase.
著者: Poranen, M.M. / Salgado, P.S. / Koivunen, M.R.L. / Wright, S. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.
履歴
登録2008年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
C: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,8175
ポリマ－224,7073
非ポリマー1102
水00
1
A: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9572
ポリマ－74,9021
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9572
ポリマ－74,9021
非ポリマー551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9021
ポリマ－74,9021
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)110.040, 110.040, 159.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
12
22
32
13
23
33
14
24
34

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 3:30 OR RESSEQ 104:276 OR RESSEQ 333:397 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 3:30 OR RESSEQ 104:276 OR RESSEQ 333:397 )
311CHAIN C AND (RESSEQ 3:30 OR RESSEQ 104:276 OR RESSEQ 333:397 )
112CHAIN A AND (RESSEQ 277:332 OR RESSEQ 398:517 )
212CHAIN B AND (RESSEQ 277:332 OR RESSEQ 398:517 )
312CHAIN C AND (RESSEQ 277:332 OR RESSEQ 398:517 )
113CHAIN A AND (RESSEQ 37:91 OR RESSEQ 518:600 )
213CHAIN B AND (RESSEQ 37:91 OR RESSEQ 518:600 )
313CHAIN C AND (RESSEQ 37:91 OR RESSEQ 518:600 )
114CHAIN A AND (RESSEQ 601:663 )
214CHAIN B AND (RESSEQ 601:663 )
314CHAIN C AND (RESSEQ 601:663 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

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要素

#1: タンパク質 RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / PROTEIN P2


分子量: 74902.219 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 2-665 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PHAGE PHI6 (ファージ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P11124, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 492 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 492 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 492 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 492 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, GLU 492 TO GLN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 15-20% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 8.5% ISOPROPANOL, 15% GLYCEROL AND 100MM HEPES, PH 7.5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.89
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→20 Å / Num. obs: 52552 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 41.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Net I/σ(I): 6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HHS

1hhs


解像度: 3.2→18.021 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 27.82 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE NOT BUILT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 1771 5.02 %
Rwork0.2275 --
obs0.2304 35309 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 8.207 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9081 Å2-0 Å20 Å2
2---0.9081 Å20 Å2
3---1.8162 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→18.021 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15608 0 2 0 15610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d015996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0821640
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.565864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr02821
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2053X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2053X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.068
13C2053X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
21A1412X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B1412X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
23C1412X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.063
31A1140X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B1140X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
33C1140X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
41A446X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42B446X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
43C442X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.033
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2001-3.28610.38421590.31512573X-RAY DIFFRACTION100
3.2861-3.38220.3681220.29712582X-RAY DIFFRACTION100
3.3822-3.49060.32971300.26972594X-RAY DIFFRACTION100
3.4906-3.61440.29831470.26052571X-RAY DIFFRACTION100
3.6144-3.75790.3181560.23192544X-RAY DIFFRACTION100
3.7579-3.92720.32171380.23462620X-RAY DIFFRACTION100
3.9272-4.13190.30561400.22412577X-RAY DIFFRACTION100
4.1319-4.38730.2811230.20652589X-RAY DIFFRACTION100
4.3873-4.72040.21591510.18442574X-RAY DIFFRACTION100
4.7204-5.18520.22271210.18382595X-RAY DIFFRACTION100
5.1852-5.91220.26211480.19632582X-RAY DIFFRACTION100
5.9122-7.36320.22461210.18832598X-RAY DIFFRACTION100
7.3632-18.02080.17921150.16762539X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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