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- PDB-2jla: Crystal structure of E.coli MenD, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jla
タイトルCrystal structure of E.coli MenD, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy- 3-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase - SeMet protein
要素2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / MANGANESE / THIAMINE DIPHOSPHATE COFACTOR / THIAMINE PYROPHOSPHATE / MENAQUINONE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase activity / menaquinone biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold ...Menaquinone biosynthesis protein MenD, middle domain / Middle domain of thiamine pyrophosphate / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THIAMINE DIPHOSPHATE / 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Dawson, A. / Fyfe, P.K. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Specificity and Reactivity in Menaquinone Biosynthesis: The Structure of Escherichia Coli Mend (2-Succinyl-5-Enolpyruvyl-6-Hydroxy-3-Cyclohexadiene-1-Carboxylate Synthase).
著者: Dawson, A. / Fyfe, P.K. / Hunter, W.N.
履歴
登録2008年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
B: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
C: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
D: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,45326
ポリマ－248,0174
非ポリマー2,43722
水7,116395
1
A: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
B: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,21713
ポリマ－124,0082
非ポリマー1,20911
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9690 Å2
ΔGint-129.4 kcal/mol
Surface area38580 Å2
手法PISA
2
C: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
D: 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,23613
ポリマ－124,0082
非ポリマー1,22811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9670 Å2
ΔGint-125.8 kcal/mol
Surface area38620 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27090 Å2
ΔGint-295.1 kcal/mol
Surface area69720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.830, 95.830, 463.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22B
13D
23B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A1 - 556
2112B1 - 556
1122C1 - 556
2122B1 - 556
1132D1 - 556
2132B1 - 556

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.998, -0.037, -0.058), (-0.032, -0.5, 0.865), (-0.061, 0.865, 0.498)70.793, -5.05, 5.607
2given(-0.996, -0.074, 0.047), (-0.078, 0.49, -0.868), (0.041, -0.869, -0.494)69.596, 12.342, 15.245
3given(0.993, 0.116, 0.009), (0.116, -0.993, 0.001), (0.009, -1)-0.045, -0.492, 19.88

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要素

#1: タンパク質
2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXENE -1-CARBOXYLATE SYNTHASE / 2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXADIENE-1-CARBOXYLATE SYNTHASE / MENAQUINONE ...2-SUCCINYL-5-ENOLPYRUVYL-6-HYDROXY-3-CYCLOHEXADIENE-1-CARBOXYLATE SYNTHASE / MENAQUINONE BIOSYNTHESIS PROTEIN MEND


分子量: 62004.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SEMET SUBSTITUTED PROTEIN / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PET15BTEV_ECMEND / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3)
参照: UniProt: P17109, 2-succinyl-5-enolpyruvyl-6-hydroxy-3-cyclohexene-1-carboxylic-acid synthase
#2: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUAL GH AT N-TERMINUS FROM TAG CLEAVAGE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 100 MM TRIS-HCL PH 8.5, 22 % PEG 8K, 15 % GLYCEROL, 200 MM NACL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97872
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→83 Å / Num. obs: 57944 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 40.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0046精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.81→83.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 13.311 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.381 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2936 5.1 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.172 54880 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.39 Å20.69 Å20 Å2
2--1.39 Å20 Å2
3----2.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→83.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17324 0 122 395 17841
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02217856
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3531.95324376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.89852220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.99923.645812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.936152820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.32315140
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.22704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02113752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3271.511092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.658217808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17336764
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9794.56568
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2224tight positional0.160.05
12B2224tight positional0.160.05
21C2224tight positional0.140.05
22B2224tight positional0.140.05
31D2224tight positional0.110.05
32B2224tight positional0.110.05
11A2105medium positional0.360.5
12B2105medium positional0.360.5
21C2105medium positional0.350.5
22B2105medium positional0.350.5
31D2105medium positional0.310.5
32B2105medium positional0.310.5
11A2224tight thermal0.330.5
12B2224tight thermal0.330.5
21C2224tight thermal0.310.5
22B2224tight thermal0.310.5
31D2224tight thermal0.280.5
32B2224tight thermal0.280.5
11A2105medium thermal0.492
12B2105medium thermal0.492
21C2105medium thermal0.462
22B2105medium thermal0.462
31D2105medium thermal0.442
32B2105medium thermal0.442
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.88 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.348 193
Rwork0.236 3779

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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