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万見
- PDB-2jl1: Structural insight into bioremediation of triphenylmethane dyes b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jl1
タイトルStructural insight into bioremediation of triphenylmethane dyes by Citrobacter sp. triphenylmethane reductase
要素TRIPHENYLMETHANE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRIPHENYLMETHANE REDUCTASE / BIOREMEDIATION / TRIPHENYLMETHANE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NmrA-like domain / NmrA-like family / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Triphenylmethane reductase
類似検索 - 構成要素
生物種CITROBACTER SP. MY-5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Kim, Y. / Park, H.J. / Kwak, S.N. / Kim, M.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural Insight Into Bioremediation of Triphenylmethane Dyes by Citrobacter Sp. Triphenylmethane Reductase
著者: Kim, M.H. / Kim, Y. / Park, H.J. / Lee, J.S. / Kwak, S.N. / Jung, W.H. / Lee, S.G. / Kim, D. / Lee, Y.C. / Oh, T.K.
履歴
登録2008年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRIPHENYLMETHANE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2257
ポリマ－31,0211
非ポリマー1,2046
水3,009167
1
A: TRIPHENYLMETHANE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: TRIPHENYLMETHANE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,45014
ポリマ－62,0422
非ポリマー2,40812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area2240 Å2
ΔGint-20.1 kcal/mol
Surface area28260 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.262, 140.384, 76.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2025-

HOH

21A-2069-

HOH

31A-2146-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TRIPHENYLMETHANE REDUCTASE


分子量: 31021.043 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-287 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CITROBACTER SP. MY-5 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSSETA GAMI (DE3) / 参照: UniProt: Q2TNI4
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細MET1 WAS REPLACED WITH PHENYLALANINE IN THE COORDINATE FILE BECAUSE OF CLONING PROCEDURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.05 M KH2PO4, 18% PEG8000, 10 MM NADP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1.23985
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 22401 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 28.85
反射 シェル解像度: 1.96→2.02 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.81 / % possible all: 83.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VRB

2vrb


解像度: 1.96→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 7.076 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1142 5.1 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.182 21246 95.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.86 Å20 Å20 Å2
2---1.33 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2189 0 78 167 2434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222319
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3791.9893155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8295288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.01925.31994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.35215372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.537157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21071
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2520.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8831.51471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30422312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2113949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4324.5843
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.309 73
Rwork0.223 1284
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.809 Å / Origin y: -18.991 Å / Origin z: 0.639 Å
111213212223313233
T-0.0147 Å20.0157 Å2-0.006 Å2--0.0708 Å2-0.0328 Å2---0.0552 Å2
L0.9252 °2-0.18 °20.3582 °2-1.0808 °2-0.1536 °2--0.6919 °2
S0.0247 Å °0.0979 Å °-0.1053 Å °-0.0628 Å °0.0074 Å °0.0135 Å °0.1077 Å °0.0617 Å °-0.032 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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