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- PDB-2jkd: Structure of the yeast Pml1 splicing factor and its integration i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jkd
タイトルStructure of the yeast Pml1 splicing factor and its integration into the RES complex
要素PRE-MRNA LEAKAGE PROTEIN 1
キーワードGENE REGULATION / MRNA PROCESSING / PML1/SNU17/BUD13 / PRE-MRNA SPLICING / SACCHAROMYCES CEREVISIAE / PHOSPHO-PEPTIDE RECOGNITION / RES / NUCLEUS / MRNA SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of RNA location / RES complex / U2-type prespliceosome assembly / U2 snRNP / mRNA export from nucleus / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tumour Suppressor Smad4 - #20 / Tumour Suppressor Smad4 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA leakage protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Brooks, M.A. / Dziembowski, A. / Quevillon-Cheruel, S. / Henriot, V. / Faux, C. / van Tilbeurgh, H. / Seraphin, B.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Structure of the Yeast Pml1 Splicing Factor and its Integration Into the Res Complex
著者: Brooks, M.A. / Dziembowski, A. / Quevillon-Cheruel, S. / Henriot, V. / Faux, C. / Van Tilbeurgh, H. / Seraphin, B.
履歴
登録2008年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns / reflns_shell
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRE-MRNA LEAKAGE PROTEIN 1
B: PRE-MRNA LEAKAGE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5557
ポリマ－43,0862
非ポリマー4685
水82946
1
A: PRE-MRNA LEAKAGE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8234
ポリマ－21,5431
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PRE-MRNA LEAKAGE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7313
ポリマ－21,5431
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)85.720, 85.720, 97.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2024-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.671, -0.7413, 0.0138), (0.7412, -0.6711, -0.0125), (0.0185, 0.0019, 0.9998)
ベクター: 132.2827, 34.593, -11.3603)

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要素

#1: タンパク質 PRE-MRNA LEAKAGE PROTEIN 1 / PML1


分子量: 21543.215 Da / 分子数: 2 / 断片: FHA DOMAIN, RESIDUES 25-204 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / プラスミド: PET9 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q07930
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 24-48 AND 113-121 OF CHAIN A AND 24-50 AND 112-121 OF CHAIN B WERE NOT MODELLED IN THE ...RESIDUES 24-48 AND 113-121 OF CHAIN A AND 24-50 AND 112-121 OF CHAIN B WERE NOT MODELLED IN THE STRUCTURE DUE TO LACK OF DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.22 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M TRIS-HCL, PH 8.5, 0.2 M LISO4 AND FROM 20 TO 30% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 14550 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.94 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.98 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 5.82 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0065精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→40.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 17.602 / SU ML: 0.191 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.426 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 721 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.217 13827 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å2-0.53 Å20 Å2
2---1.06 Å20 Å2
3---1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2364 0 28 46 2438
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222425
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4451.983270
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.0495291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.91924.355124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.07315432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9421520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5531.51463
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06522364
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4333962
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3714.5906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.323 105
Rwork0.306 1985
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2670.08650.29893.8933-0.693.6945-0.07370.13760.15850.0447-0.17710.247-0.3701-0.3320.2508-0.22480.0504-0.07630.0269-0.1439-0.09444.014648.99425.8466
23.65270.56740.81053.32650.19573.9608-0.05160.2601-0.3043-0.283-0.1931-0.03850.2499-0.18370.2446-0.16240.01030.12170.0499-0.0833-0.042966.789634.007615.5615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A49 - 206
2X-RAY DIFFRACTION2B51 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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