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- PDB-2jk3: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HLYIIR MUTANT PROTEIN WITH RESIDUES 169-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jk3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE HLYIIR MUTANT PROTEIN WITH RESIDUES 169-186 SUBSTITUTED BY GSSGSSG LINKER
要素HEMOLYSIN II REGULATORY PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION / DNA-BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA-BINDING / TETR FAMILY / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor NicS, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...HTH-type transcriptional repressor NicS, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemolysin II regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS CEREUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kovalevskiy, O.V. / Solonin, A.S. / Antson, A.A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Structural Investigation of Transcriptional Regulator Hlyiir: Influence of a Disordered Region on Protein Fold and Dimerization.
著者: Kovalevskiy, O.V. / Solonin, A.S. / Antson, A.A.
履歴
登録2008年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年10月12日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOLYSIN II REGULATORY PROTEIN
B: HEMOLYSIN II REGULATORY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2713
ポリマ－43,1752
非ポリマー961
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-50.3 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.383, 78.990, 143.814
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HEMOLYSIN II REGULATORY PROTEIN


分子量: 21587.676 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 4-168,187-201 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SEGMENT 169-186 SUBSTITUTED BY GSSGSSG LINKER / 由来: (組換発現) BACILLUS CEREUS (バクテリア) / 株: B771 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q7X506
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUES 169-186 SUBSTITUTED BY GSSGSSG LINKER
配列の詳細SEGMENT 169-186 SUBSTITUTED BY GSSGSSG LINKER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: TRIS, PEG3350, AMMONIUM SULFATE, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9804
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9804 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 22752 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0077精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FX0

2fx0


解像度: 2.2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 16.753 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 946 4.2 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.201 21749 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.83 Å20 Å20 Å2
2---2.45 Å20 Å2
3----2.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2976 0 5 140 3121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223045
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9594089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3395358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.66524.795146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.26615575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5491510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.65731800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.77942908
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.83881245
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.167121181
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 126 -
Rwork0.276 2913 -
obs--92.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2546-2.3031-1.48556.98790.07233.45990.1220.2482-0.4589-0.6449-0.4473-0.40430.30460.26940.32530.49740.09680.23260.30960.00760.563243.5916-19.093556.398
21.97830.1535-0.51695.13260.26493.76140.0662-0.1066-0.2479-0.2259-0.1425-0.25370.16650.05610.07640.008-0.0212-0.02660.18680.02570.246430.11410.456469.8983
31.69721.72780.49434.5788-0.62610.0937-0.05460.0150.13880.0154-0.02150.22410.0604-0.01330.07610.5827-0.00190.0470.3072-0.03240.182827.52160.263331.4476
42.0354-0.686-1.42233.47711.08443.38540.26120.51060.1431-0.8135-0.17380.0844-0.378-0.5049-0.08740.31310.0912-0.02250.34850.01670.218221.689211.158256.2401
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2A67 - 190
3X-RAY DIFFRACTION3B4 - 64
4X-RAY DIFFRACTION4B68 - 190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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