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- PDB-2jgy: The crystal structure of human orotidine-5'-decarboxylase domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jgy
タイトルThe crystal structure of human orotidine-5'-decarboxylase domain of human uridine monophosphate synthetase (UMPS)
要素UMP SYNTHASEUridine monophosphate synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / GLYCOSYLTRANSFERASE (グリコシルトランスフェラーゼ) / ALTERNATIVE SPLICING (選択的スプライシング) / LYASE (リアーゼ) / POLYMORPHISM / DECARBOXYLASE (脱炭酸酵素) / DISEASE MUTATION / TIM BARREL DIMER / OROTIDINE-5'-DECARBOXYLASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / 授乳 / female pregnancy / cellular response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Phosphoribosyl transferase domain ...Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uridine 5'-monophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Moche, M. / Ogg, D. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. ...Moche, M. / Ogg, D. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Holmberg-Schiavone, L. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kosinska, U. / Kotenyova, T. / Lehtio, L. / Nilsson, M.E. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Stenmark, P. / Sundstrom, M. / Uppenberg, J. / Upsten, M. / Thorsell, A.G. / van den Berg, S. / Weigelt, J. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of Human Orotidine-5'-Decarboxylase Domain of Human Uridine Monophosphate Synthetase (Umps)
著者: Moche, M. / Flodin, S. / Nyman, T. / Stenmark, P. / Nordlund, P.
履歴
登録2007年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UMP SYNTHASE
B: UMP SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2622
ポリマ－61,2622
非ポリマー00
水12,088671
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)59.830, 77.830, 152.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UMP SYNTHASE / Uridine monophosphate synthase / OROTATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / OPRTASE / OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE / OMPDECASE


分子量: 30631.232 Da / 分子数: 2
断片: OROTIDINE-5'-DECARBOXYLASE DOMAIN OF UMPS, RESIDUES 224-479
由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FIRST TWO RESIDUES OF CHAIN A (SER222 AND MET223) ARE CLONING ARTIFACTS SINCE THEY BELONG TO THE N-TERMINAL LINKER BETWEEN THE START OF THE DECARBOXYLASE DOMAIN (GLU224) AND THE HEXAHISTIDINE TAIL
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: MAMMALIAN GENE COLLECTION (MGC) / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P11172, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 671 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST TWO RESIDUES OF CHAIN A (SER222 AND MET223) ARE CLONING ARTIFACTS SINCE THEY BELONG TO ...THE FIRST TWO RESIDUES OF CHAIN A (SER222 AND MET223) ARE CLONING ARTIFACTS SINCE THEY BELONG TO THE N-TERMINAL LINKER BETWEEN THE START OF THE DECARBOXYLASE DOMAIN (GLU224) AND THE N-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAIL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.0408
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月14日 / 詳細: MULTILAYER MIRROR, CURVED TO FOCUS IN THE VERTICAL
放射モノクロメーター: BENT SILICON CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0408 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 58331 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.24 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 10.4 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0021精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DQW

1dqw


解像度: 1.95→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.482 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THERE ARE TWO MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT, HOWEVER, NCS HAS NOT BEEN USED IN REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 2662 5.1 %RANDOM
Rwork0.158 ---
obs0.16 49980 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--1.26 Å20 Å2
3----1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3800 0 0 671 4471
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223979
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2351.9795382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89236696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6515516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.71523.333156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.15315735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9751529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.22988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.21963
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22035
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2840.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5123295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65934057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63241643
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.73451325
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.201 207
Rwork0.165 3641

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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