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- PDB-2jgp: Structure of the TycC5-6 PCP-C bidomain of the tyrocidine synthet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jgp
タイトルStructure of the TycC5-6 PCP-C bidomain of the tyrocidine synthetase TycC
要素TYROCIDINE SYNTHETASE 3
キーワードLIGASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / CONDENSATION DOMAIN / PEPTIDE BOND FORMATION / TYROCIDINE / ANTIBIOTICS / PHOSPHOPANTETHEINE / NONRIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHETASE / PEPTIDYL CARRIER DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nonribosomal peptide synthetase, condensation domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Thioesterase / Thioesterase domain / ACP-like / PKS_PP_betabranch ...Nonribosomal peptide synthetase, condensation domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Thioesterase / Thioesterase domain / ACP-like / PKS_PP_betabranch / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Tyrocidine synthase 3
類似検索 - 構成要素
生物種BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Samel, S.A. / Schoenafinger, G. / Knappe, T.A. / Marahiel, M.A. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structural and Functional Insights Into a Peptide Bond-Forming Bidomain from a Nonribosomal Peptide Synthetase.
著者: Samel, S.A. / Schoenafinger, G. / Knappe, T.A. / Marahiel, M.A. / Essen, L.-O.
履歴
登録2007年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22012年6月13日Group: Other
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROCIDINE SYNTHETASE 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2966
ポリマ－58,9041
非ポリマー3915
水5,278293
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.973, 84.973, 164.969
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2134-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TYROCIDINE SYNTHETASE 3 / TYROCIDINE SYNTHETASE III / NON-RIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHETASE


分子量: 58904.402 Da / 分子数: 1
断片: PCP-C BIDOMAIN OF TYCC MODULE 5 AND 6, RESIDUES 5116-5633
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BREVIBACILLUS BREVIS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / Variant (発現宿主): PREP4 / 参照: UniProt: O30409
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
解説: SEMET DATA COLLECTED FOR MAD STRUCTURE DETERMINATION
結晶化pH: 6.5
詳細: 7.5 MG PROTEIN/ML MIXED 1:1 WITH A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 0.04 M MES (PH 6.5) AND 4% DIOXANE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.808
検出器タイプ: MAR / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月1日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 51834 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.05 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 20.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.85→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 6.329 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE DISORDERED REGION T456-G460 WAS MODELED STEREOCHEMICALLY IN VERY WEAK DIFFERENCE ELECTRON DENSITY, BUT ITS OCCUPANCY WAS SET TO ZERO.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1766 3.4 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.209 49809 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20 Å20 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4149 0 23 293 4465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0224239
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022846
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9631.9585754
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79136934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3095517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.04524.306209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.50115715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.21527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02869
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2872
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.22841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.22093
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.22134
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2030.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4611.52578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86924176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.06531703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7444.51576
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.281 111
Rwork0.264 3645
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00820.8505-1.16462.5156-0.57883.4696-0.27180.28110.0508-0.09040.25160.21480.2272-0.43960.0202-0.3766-0.0318-0.0156-0.34450.025-0.34820.09215.75848.883
23.59530.76980.43090.9789-0.15061.3326-0.01680.1484-0.281-0.0969-0.0055-0.32490.1790.1240.0222-0.33260.01490.0076-0.42790.021-0.216135.89628.56941.703
31.82551.2190.30381.50690.6072.13610.0934-0.04960.07780.1139-0.0916-0.0361-0.1163-0.097-0.0019-0.2431-0.05730.0309-0.2857-0.0219-0.25719.48333.5364.605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2A97 - 269
3X-RAY DIFFRACTION2A360 - 373
4X-RAY DIFFRACTION3A270 - 359
5X-RAY DIFFRACTION3A374 - 522

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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