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- PDB-2jgd: E. COLI 2-oxoglutarate dehydrogenase (E1o) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jgd
タイトルE. COLI 2-oxoglutarate dehydrogenase (E1o)
要素(2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE / FLAVOPROTEIN / THIAMINE DIPHOSPHATE / THIAMINE PYROPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / E1O / KGDH / OGDH / GLYCOLYSIS / OXALOACETATE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TPP helical domain / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain / Rossmann fold - #12470 / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component ...TPP helical domain / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain / Rossmann fold - #12470 / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component, N-terminal domain / 2-oxoglutarate dehydrogenase N-terminus / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal / Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain superfamily / 2-oxoglutarate dehydrogenase C-terminal / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component / Dehydrogenase, E1 component / Dehydrogenase E1 component / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / 2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Frank, R.A.W. / Price, A.J. / Northrop, F.D. / Perham, R.N. / Luisi, B.F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the E1 Component of the Escherichia Coli 2-Oxoglutarate Dehydrogenase Multienzyme Complex.
著者: Frank, R.A.W. / Price, A.J. / Northrop, F.D. / Perham, R.N. / Luisi, B.F.
履歴
登録2007年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT
B: 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)211,0754
ポリマ－210,3802
非ポリマー6942
水13,241735
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)142.493, 142.493, 251.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A84 - 933
2111B84 - 933

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.79032, 0.61229, -0.02206), (0.61231, -0.79059, -0.00665), (-0.02151, -0.00825, -0.99973)
ベクター: 15.62862, -44.72879, 50.09098)

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要素

#1: タンパク質 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT / ALPHA- KETOGLUTARATE DEHYDROGENASE


分子量: 105170.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0AFG3, oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring)
#2: タンパク質 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT / ALPHA- KETOGLUTARATE DEHYDROGENASE


分子量: 105209.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0AFG3, oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring)
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.67 %
解説: SELENIUM SITES WERE FOUND WITH MAD DATA IN SHELXD. PHASES WERE DETERMINED WITH SAD DATA IN PHASER
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: SITTING DROP: 1UL 12% PEG 4000, 50MM SOCIUM CITRATE PH5.6. 1UL 10MG/ML TE1O. RESERVOIR: 1UL 12% PEG 4000, 50MM SOCIUM CITRATE PH5.6., pH 5.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939272
検出器検出器: CCD / 日付: 2005年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939272 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→70 Å / Num. obs: 80455 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 4041 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.189 76341 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12563 0 46 735 13344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02112931
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0791.94717527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.89451611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.34823.738618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.587152086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8381593
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029959
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2590.26181
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3330.28807
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2340.2723
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.30.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.3881.58041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.148212864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it15.48434890
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it16.3734.54659
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 6112 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.480.05
tight thermal2.130.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.399 290
Rwork0.308 5422

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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