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- PDB-2jfk: Structure of the MAT domain of human FAS with malonyl-CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jfk
タイトルStructure of the MAT domain of human FAS with malonyl-CoA
要素FATTY ACID SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / OXIDOREDUCTASE / LIPID SYNTHESIS / FATTY ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / establishment of endothelial intestinal barrier / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / glycogen granule ...fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / establishment of endothelial intestinal barrier / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / glycogen granule / Fatty acyl-CoA biosynthesis / host-mediated perturbation of viral process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / ChREBP activates metabolic gene expression / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / acetyl-CoA metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / mammary gland development / fatty acid synthase activity / monocyte differentiation / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / response to nutrient / cellular response to interleukin-4 / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / fatty acid metabolic process / osteoblast differentiation / fatty acid biosynthetic process / melanosome / cadherin binding / inflammatory response / Golgi apparatus / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3290 / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain ...Alpha-Beta Plaits - #3290 / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Fatty acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bunkoczi, G. / Kavanagh, K. / Hozjan, V. / Rojkova, A. / Watt, S. / Wu, X. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. ...Bunkoczi, G. / Kavanagh, K. / Hozjan, V. / Rojkova, A. / Watt, S. / Wu, X. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Smith, S. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the MAT Domain of Human Fas with Malonyl-Coa
著者: Bunkoczi, G. / Kavanagh, K. / Hozjan, V. / Rojkova, A. / Watt, S. / Wu, X. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Smith, S. / Oppermann, U.
履歴
登録2007年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FATTY ACID SYNTHASE
B: FATTY ACID SYNTHASE
C: FATTY ACID SYNTHASE
D: FATTY ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,6538
ポリマ－190,5834
非ポリマー3,0704
水68538
1
A: FATTY ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4132
ポリマ－47,6461
非ポリマー7681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FATTY ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4132
ポリマ－47,6461
非ポリマー7681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: FATTY ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4132
ポリマ－47,6461
非ポリマー7681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: FATTY ACID SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4132
ポリマ－47,6461
非ポリマー7681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.917, 91.410, 261.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D
13B
23C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETSERSER2AA421 - 42723 - 29
211METMETSERSER2BB421 - 42723 - 29
311METMETSERSER2CC421 - 42723 - 29
411METMETSERSER2DD421 - 42723 - 29
121GLNGLNPROPRO2AA440 - 48642 - 88
221GLNGLNPROPRO2BB440 - 48642 - 88
321GLNGLNPROPRO2CC440 - 48642 - 88
421GLNGLNPROPRO2DD440 - 48642 - 88
131ARGARGPROPRO2AA490 - 65492 - 256
231ARGARGPROPRO2BB490 - 65492 - 256
331ARGARGPROPRO2CC490 - 65492 - 256
431ARGARGPROPRO2DD490 - 65492 - 256
141GLNGLNTHRTHR5AA655 - 677257 - 279
241GLNGLNTHRTHR5BB655 - 677257 - 279
341GLNGLNTHRTHR5CC655 - 677257 - 279
441GLNGLNTHRTHR5DD655 - 677257 - 279
151GLYGLYGLUGLU2AA678 - 719280 - 321
251GLYGLYGLUGLU2BB678 - 719280 - 321
351GLYGLYGLUGLU2CC678 - 719280 - 321
451GLYGLYGLUGLU2DD678 - 719280 - 321
161SERSERGLYGLY2AA725 - 774327 - 376
261SERSERGLYGLY2BB725 - 774327 - 376
361SERSERGLYGLY2CC725 - 774327 - 376
461SERSERGLYGLY2DD725 - 774327 - 376
171CYSCYSPROPRO2AA779 - 818381 - 420
271CYSCYSPROPRO2BB779 - 818381 - 420
371CYSCYSPROPRO2CC779 - 818381 - 420
471CYSCYSPROPRO2DD779 - 818381 - 420
112GLYGLYGLUGLU5AA428 - 43930 - 41
212GLYGLYGLUGLU5BB428 - 43930 - 41
312GLYGLYGLUGLU5CC428 - 43930 - 41
412GLYGLYGLUGLU5DD428 - 43930 - 41
122ALAALAGLUGLU5AA487 - 48989 - 91
222ALAALAGLUGLU5BB487 - 48989 - 91
322ALAALAGLUGLU5CC487 - 48989 - 91
422ALAALAGLUGLU5DD487 - 48989 - 91
132ALAALASERSER5AA720 - 724322 - 326
232ALAALASERSER5BB720 - 724322 - 326
332ALAALASERSER5CC720 - 724322 - 326
432ALAALASERSER5DD720 - 724322 - 326
142LEULEUSERSER5AA775 - 778377 - 380
242LEULEUSERSER5BB775 - 778377 - 380
342LEULEUSERSER5CC775 - 778377 - 380
442LEULEUSERSER5DD775 - 778377 - 380
113VALVALPROPRO4BB819 - 822421 - 424
213VALVALPROPRO4CC819 - 822421 - 424

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9937, -0.09787, 0.05458), (-0.10417, 0.6273, -0.77178), (0.0413, -0.7726, -0.63355)-38.79674, -36.66288, -70.94931
2given(0.14769, -0.51944, 0.84165), (0.97434, 0.22256, -0.03362), (-0.16985, 0.82502, 0.53898)19.64811, 20.84164, 121.55309
3given(-0.222, -0.97489, -0.01744), (-0.97499, 0.22176, 0.01434), (-0.01011, 0.02019, -0.99974)-27.09086, -14.95972, 55.78765

-
要素

#1: タンパク質
FATTY ACID SYNTHASE


分子量: 47645.723 Da / 分子数: 4 / 断片: MAT DOMAIN, RESIDUES 422-831 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: P49327, fatty-acid synthase system
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 399-421 CONSTITUTE A HIS-TAG THAT WAS NOT CLEAVED DURING PURIFICATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 16% PEG10K 0.16M MGCL2 0.08 M TRIS PH=8.5, pH 8.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9795
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月19日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→41 Å / Num. obs: 78546 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.22 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 6.13 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.62 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JFD

2jfd


解像度: 2.4→40.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 32.806 / SU ML: 0.318 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 3902 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.224 74428 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.12 Å20 Å20 Å2
2--0.83 Å20 Å2
3----4.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12036 0 36 38 12110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02212400
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4151.97116902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3853.00120130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.29351616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37723.333468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.845151864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3051575
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022439
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.23027
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.28554
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.26160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.26570
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1310.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2390.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.96738251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.384512928
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.6884643
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.193113974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A2051tight positional0.050.05
12B2051tight positional0.040.05
13C2051tight positional0.050.05
14D2051tight positional0.040.05
11A2218medium positional0.420.5
12B2218medium positional0.380.5
13C2218medium positional0.390.5
14D2218medium positional0.380.5
21A140medium positional0.680.5
22B140medium positional0.350.5
23C140medium positional0.420.5
24D140medium positional0.390.5
31B59medium positional0.340.5
32C59medium positional0.340.5
11A115loose positional1.075
12B115loose positional0.975
13C115loose positional0.915
14D115loose positional0.895
21A136loose positional1.175
22B136loose positional1.285
23C136loose positional0.975
24D136loose positional1.015
11A2051tight thermal1.212
12B2051tight thermal1.32
13C2051tight thermal1.682
14D2051tight thermal0.962
11A2218medium thermal4.095
12B2218medium thermal3.215
13C2218medium thermal4.185
14D2218medium thermal2.635
21A140medium thermal2.475
22B140medium thermal2.15
23C140medium thermal1.665
24D140medium thermal2.095
31B59medium thermal1.965
32C59medium thermal1.965
11A115loose thermal5.5810
12B115loose thermal3.4810
13C115loose thermal3.5210
14D115loose thermal4.4910
21A136loose thermal3.6410
22B136loose thermal3.5110
23C136loose thermal4.1310
24D136loose thermal3.6810
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 275 -
Rwork0.373 5233 -
obs--96.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.48220.2432-1.11757.65350.83627.1667-0.1301-0.12680.0769-0.06980.1437-0.4007-0.49180.4826-0.01360.1273-0.1705-0.0105-0.1321-0.1257-0.2806-24.0271-24.1353-41.4781
20.64630.1845-0.70773.11362.19443.29590.09530.3718-0.088-0.18250.5812-0.708-0.42081.4299-0.6765-0.1435-0.0898-0.03110.6214-0.24940.1597-11.2761-38.6523-64.1896
33.935-1.2943-2.26071.1251.79418.64360.03580.28890.43480.01220.2971-0.13370.38640.5103-0.3329-0.11090.0648-0.0921-0.2435-0.227-0.0941-28.2669-56.8216-74.5158
41.43522.71930.50245.48992.38026.21630.06080.9306-0.5334-0.12410.7767-0.69090.38251.5198-0.8375-0.1920.1627-0.01230.5931-0.44290.148-11.3601-54.25-74.146
50.85980.4341-0.10433.07052.35954.37040.10660.2906-0.26940.620.469-0.6280.42761.1079-0.5756-0.08560.1384-0.18160.179-0.2102-0.0051-18.1838-45.6991-55.3029
64.7962-1.79370.75452.62630.1227.67650.23551.3368-0.4091-0.39870.0255-0.30880.13551.1904-0.2610.08520.033-0.0640.2964-0.1551-0.121-15.124-17.2979-27.112
73.04040.52731.21132.28940.56614.50180.078-0.3634-0.03850.1292-0.14440.18720.0007-0.21260.0664-0.0169-0.0469-0.0823-0.4795-0.0212-0.3062-27.399-10.3955-0.9474
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917.16953.72970.65683.89541.07210.30510.0786-1.75840.35080.1052-0.20830.10630.1803-0.39930.12970.2725-0.229-0.03820.34140.0504-0.3178-26.1825-11.975317.7616
104.35430.13192.04231.10580.05955.62130.3162-0.1547-0.70090.12960.0954-0.06050.45630.2848-0.41160.07920.0275-0.1275-0.4690.023-0.1711-19.8426-20.2242-2.4716
110.3892-1.4847-1.41928.28121.019612.55380.112-0.7376-0.11030.4353-0.081-0.37870.73270.478-0.031-0.0377-0.14490.0002-0.18730.0371-0.2702-6.822-6.3683.3938
121.40510.187-0.96762.1854-0.122111.35350.38440.08640.025-0.2606-0.29670.5187-1.7264-1.5921-0.08770.03570.3067-0.0285-0.1977-0.0397-0.1159-15.51993.638557.0059
131.10942.14580.60064.22331.94078.6460.07020.3040.0075-0.4433-0.28590.18291.5569-2.14860.21580.2585-0.2517-0.07510.3559-0.011-0.2429-17.7632-16.409939.1241
141.91762.8842-0.24514.36320.06217.45030.02570.24650.1801-0.4450.02460.5574-1.1861-1.8459-0.05030.26220.3402-0.140.13760.1112-0.1642-16.42910.198238.4307
150.44550.081-0.60461.91831.731110.25050.1893-0.1307-0.0834-0.1077-0.19580.119-0.32570.04180.0065-0.23680.0738-0.0158-0.40720.0343-0.2679-5.8787-4.25657.9517
161.4159-0.6927-1.79033.3033-1.58488.75840.0581-0.32740.10110.2176-0.0111-0.1232-0.0059-0.092-0.0469-0.0068-0.01010.0205-0.1418-0.0478-0.23690.89771.80698.7332
173.0282-1.8542.21972.6584-1.55794.07120.1023-0.2947-0.11360.2087-0.0627-0.22760.0797-0.3449-0.03960.1709-0.1437-0.0801-0.19150.0726-0.003614.1066-13.7199119.3072
182.84012.06261.26924.87531.63870.71940.21640.2231-0.2177-0.06820.0987-0.9140.38920.1049-0.31510.4829-0.2208-0.2470.27480.20080.409736.2318-1.8354129.6625
193.81192.8847-2.120813.8332-0.22341.604-0.0125-0.5047-0.24140.9571-0.2014-0.64940.32170.79840.21380.3671-0.1203-0.3596-0.11060.18270.187828.6925-18.5653128.489
203.5763-1.07023.08751.6135-1.28364.67990.28470.26830.14820.0462-0.4661-0.54730.24220.81050.18140.1261-0.01890.0014-0.12130.13560.114722.1485-8.4242110.2806
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A419 - 489
2X-RAY DIFFRACTION2A490 - 606
3X-RAY DIFFRACTION3A607 - 673
4X-RAY DIFFRACTION4A674 - 703
5X-RAY DIFFRACTION5A704 - 819
6X-RAY DIFFRACTION6B419 - 489
7X-RAY DIFFRACTION7B490 - 606
8X-RAY DIFFRACTION8B607 - 673
9X-RAY DIFFRACTION9B674 - 703
10X-RAY DIFFRACTION10B704 - 822
11X-RAY DIFFRACTION11C419 - 489
12X-RAY DIFFRACTION12C490 - 606
13X-RAY DIFFRACTION13C607 - 673
14X-RAY DIFFRACTION14C674 - 703
15X-RAY DIFFRACTION15C704 - 823
16X-RAY DIFFRACTION16D411 - 489
17X-RAY DIFFRACTION17D490 - 606
18X-RAY DIFFRACTION18D607 - 673
19X-RAY DIFFRACTION19D674 - 703
20X-RAY DIFFRACTION20D704 - 820

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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