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万見
- PDB-2jed: The crystal structure of the kinase domain of the protein kinase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jed
タイトルThe crystal structure of the kinase domain of the protein kinase C theta in complex with NVP-XAA228 at 2.32A resolution.
要素PROTEIN KINASE C THETA
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHORYLATION / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / ATP-BINDING / POLYMORPHISM / METAL-BINDING / ZINC / KINASE / PKC THETA / MAGNESIUM / ZINC-FINGER / ALTERNATIVE SPLICING / PHORBOL-ESTER BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T-helper 2 cell activation / Netrin-1 signaling / protein kinase C / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / regulation of platelet aggregation / Effects of PIP2 hydrolysis / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of T-helper 17 type immune response ...positive regulation of T-helper 2 cell activation / Netrin-1 signaling / protein kinase C / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / regulation of platelet aggregation / Effects of PIP2 hydrolysis / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of T-helper 17 type immune response / aggresome / Apoptotic cleavage of cellular proteins / positive regulation of interleukin-4 production / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of telomere maintenance / membrane protein ectodomain proteolysis / immunological synapse / positive regulation of interleukin-2 production / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / axon guidance / cell chemotaxis / regulation of cell growth / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / : / positive regulation of T cell activation / centriolar satellite / FCERI mediated NF-kB activation / RAS processing / G alpha (z) signalling events / Downstream TCR signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / protein phosphorylation / protein kinase activity / intracellular signal transduction / inflammatory response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C, theta / Novel protein kinase C theta, catalytic domain / Protein kinase C delta/epsilon/eta/theta, C2 domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Protein kinase C, theta / Novel protein kinase C theta, catalytic domain / Protein kinase C delta/epsilon/eta/theta, C2 domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2 domain / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LG8 / Protein kinase C theta type
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Stark, W. / Bitsch, F. / Berner, A. / Buelens, F. / Graff, P. / Depersin, H. / Geiser, M. / Knecht, R. / Rahuel, J. / Rummel, G. ...Stark, W. / Bitsch, F. / Berner, A. / Buelens, F. / Graff, P. / Depersin, H. / Geiser, M. / Knecht, R. / Rahuel, J. / Rummel, G. / Schlaeppi, J.M. / Schmitz, R. / Strauss, A. / Wagner, J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the Kinase Domain of the Protein Kinase C Theta in Complex with Nvp-Xaa228
著者: Stark, W. / Bitsch, F. / Berner, A. / Buelens, F. / Graff, P. / Depersin, H. / Fendrich, G. / Geiser, M. / Knecht, R. / Rahuel, J. / Rummel, G. / Schlaeppi, J.M. / Schmitz, R. / Strauss, A. / Wagner, J.
#1: ジャーナル: Protein Expression Purif. / 年: 2007
タイトル: Improved Expression of Kinases in Baculovirus-Infected Insect Cells Upon Addition of Specific Kinase Inhibitors to the Culture Helpful for Structural Studies.
著者: Strauss, A. / Fendrich, G. / Horisberger, M.A. / Liebetanz, J. / Meyhack, B. / Schlaeppi, J.-M. / Schmitz, R.
履歴
登録2007年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年9月25日Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN KINASE C THETA
B: PROTEIN KINASE C THETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6715
ポリマ－83,6482
非ポリマー1,0233
水7,422412
1
A: PROTEIN KINASE C THETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2772
ポリマ－41,8241
非ポリマー4531
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PROTEIN KINASE C THETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3953
ポリマ－41,8241
非ポリマー5712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)152.172, 152.172, 74.837
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN KINASE C THETA / NPKC-THETA


分子量: 41823.965 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN 361-706 / 変異: YES / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PHOSPHOSERINE 676, PHOSPHOSERINE 695, C540 MODIFIED / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q04759, protein kinase C
#2: 化合物 ChemComp-LG8 / 3-(8-DIMETHYLAMINOMETHYL-6,7,8,9-TETRAHYDRO-PYRIDO[1,2-A]INDOL-10-YL)-4-(1-METHYL-1H-INDOL-3-YL)-PYRROLE-2,5-DIONE


分子量: 452.548 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H28N4O2
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 381 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 538 TO GLU ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 381 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 538 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ILE 381 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 538 TO GLU
Has protein modificationY
配列の詳細MUTATIONS I381E, T538E

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: VAPOR DIFFUSION AT 4C PROTEIN SOLUTION: 10MG/ML PROTEIN IN 0.2M NACL, 0.05M IMIDAZOLE, 0.001M NAF, 0.05M TCEP, PH = 8.0 RESERVOIR SOLUTION: 0.1 M NA-CACODYLATE PH = 6.5 24% MPD (V/V) 4% ...詳細: VAPOR DIFFUSION AT 4C PROTEIN SOLUTION: 10MG/ML PROTEIN IN 0.2M NACL, 0.05M IMIDAZOLE, 0.001M NAF, 0.05M TCEP, PH = 8.0 RESERVOIR SOLUTION: 0.1 M NA-CACODYLATE PH = 6.5 24% MPD (V/V) 4% PEG8000 (W/V) DROP: 1:1 SMALL ORGANIC MOLECULES LIKE 2,5-HEXANEDIOL AND SULFOBETAINE-195 HAVE A POSITIVE EFFECT ON THE CRYSTAL GROWTH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.918396
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918396 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. obs: 42831 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.32→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.48 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FOT

1fot


解像度: 2.32→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 10.404 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.257 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 2131 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 40693 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5396 0 76 412 5884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225624
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4451.9747582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1285645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7924.069290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.00115.0591020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0111531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2768
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.22324
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.23739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7341.53333
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22225200
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86132636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8474.52382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 134 -
Rwork0.247 2961 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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