[日本語] English
万見
- PDB-2je1: The crystal Structure of the tumor supressor protein pp32 (Anp32a... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2je1
タイトルThe crystal Structure of the tumor supressor protein pp32 (Anp32a) :structural insights into the Anp32 family of proteins
要素ACIDIC LEUCINE-RICH NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN 32 FAMILY MEMBER A
キーワードNUCLEAR PROTEIN / LEUCINE-RICH REPEAT / LRR / LANP / PHAPI / ANP32 / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / nucleocytoplasmic transport / histone binding / regulation of apoptotic process / intracellular signal transduction / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member A
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Huyton, T. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure of the Tumor Suppressor Protein Pp32 (Anp32A): Structural Insights Into Anp32 Family of Proteins.
著者: Huyton, T. / Wolberger, C.
履歴
登録2007年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ACIDIC LEUCINE-RICH NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN 32 FAMILY MEMBER A
B: ACIDIC LEUCINE-RICH NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN 32 FAMILY MEMBER A
C: ACIDIC LEUCINE-RICH NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN 32 FAMILY MEMBER A
D: ACIDIC LEUCINE-RICH NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN 32 FAMILY MEMBER A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0145
ポリマ－67,9224
非ポリマー921
水2,612145
1
A: ACIDIC LEUCINE-RICH NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN 32 FAMILY MEMBER A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0722
ポリマ－16,9801
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ACIDIC LEUCINE-RICH NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN 32 FAMILY MEMBER A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9801
ポリマ－16,9801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: ACIDIC LEUCINE-RICH NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN 32 FAMILY MEMBER A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9801
ポリマ－16,9801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: ACIDIC LEUCINE-RICH NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN 32 FAMILY MEMBER A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9801
ポリマ－16,9801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.506, 106.506, 133.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 1 - 149 / Label seq-ID: 1 - 149

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99997, -0.00783, 0.00045), (0.00784, -0.99979, 0.01909), (0.0003, 0.01909, 0.99982)
ベクター: 53.44123, 30.35955, -0.35606)

-
要素

#1: タンパク質
ACIDIC LEUCINE-RICH NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN 32 FAMILY MEMBER A / POTENT HEAT-STABLE PROTEIN PHOSPHATASE 2A INHIBITOR I1PP2A / ACIDIC NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN PP32 / ...POTENT HEAT-STABLE PROTEIN PHOSPHATASE 2A INHIBITOR I1PP2A / ACIDIC NUCLEAR PHOSPHOPROTEIN PP32 / LEUCINE-RICH ACIDIC NUCLEAR PROTEIN / LANP / PUTATIVE HLA-DR-ASSOCIATED PROTEIN I / PHAPI / MAPMODULIN / PP32


分子量: 16980.375 Da / 分子数: 4 / 断片: LRR DOMAIN, RESIDUES 1-149 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P39687
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月12日 / 詳細: BENT CONICAL SI-MIRROR (RH COATED)
放射モノクロメーター: BENT GE(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 23193 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.7→25 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HOMOLOGY MODEL

解像度: 2.69→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 29.233 / SU ML: 0.3 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.908 / ESU R Free: 0.393 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 1189 5.1 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.241 21976 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4756 0 6 145 4907
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224746
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4852.0166405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.595592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75726.621219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.82115932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4131519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.22002
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.23138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2580.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3531.53065
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5724782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.18331852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9364.51623
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A596tight positional0.030.05
2B596tight positional0.030.05
3C596tight positional0.030.05
4D596tight positional0.030.05
1A570medium positional0.380.5
2B570medium positional0.430.5
3C570medium positional0.440.5
4D570medium positional0.440.5
1A596tight thermal0.050.5
2B596tight thermal0.050.5
3C596tight thermal0.050.5
4D596tight thermal0.050.5
1A570medium thermal0.422
2B570medium thermal0.382
3C570medium thermal0.382
4D570medium thermal0.342
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.76 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.352 86
Rwork0.297 1636
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.13481.1805-1.48382.1314-0.32632.6266-0.1146-0.255-0.53820.1064-0.0376-0.14690.4784-0.10180.1522-0.02540.00190.0571-0.12630.015-0.066642.50710.50.838
29.67871.45222.01852.30150.19851.7852-0.3343-0.43790.6866-0.03040.06980.105-0.3647-0.05750.2645-0.0130.04-0.0231-0.0237-0.047-0.073310.87420.1940.712
35.10793.63981.01825.30891.03772.1759-0.1180.08010.4107-0.2296-0.03160.4326-0.1417-0.34240.1496-0.08910.0416-0.0467-0.0448-0.036-0.049730.32931.565-31.2
45.09994.07-1.30256.551-1.83351.9742-0.2243-0.1057-0.3784-0.4581-0.0068-0.47750.23030.29340.23110.00990.0350.0572-0.0456-0.002-0.083722.915-0.679-31.05
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 149
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 149
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 149

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る