PDB-2jdj: crystal structure of HapK from Hahella chejuensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jdj

タイトル

crystal structure of HapK from Hahella chejuensis

要素

REDY-LIKE PROTEIN

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / PRODIGIOSIN / BIOSYNTHESIS

機能・相同性

REDY-like protein HapK / REDY-like protein HapK / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ISOPROPYL ALCOHOL / RedY-like protein

機能・相同性情報

生物種

HAHELLA CHEJUENSIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kang, B.S. / Cho, H.J. / Kim, K.J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structural Insight of the Role of the Hahella Chejuensis Hapk Protein in Prodigiosin Biosynthesis.
著者: Cho, H.J. / Kim, K. / Kim, M.H. / Kang, B.S.

履歴

登録	2007年1月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jdj.cif.gz	54.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jdj.ent.gz	43.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jdj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jdj_validation.pdf.gz	458.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jdj_full_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示
XML形式データ	2jdj_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	2jdj_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/2jdj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/2jdj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1fvc-2 5jdj-6 1412 5b0b-1 2hv1-d 4hl9-4 4hl9-1 1tuv-2 3mfx-1 1oij-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: REDY-LIKE PROTEIN

B: REDY-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

24.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: REDY-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

A: REDY-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: REDY-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

B: REDY-LIKE PROTEIN

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
24.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.306, 58.306, 137.882
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2006- HOH
2	1	A-2022- HOH
3	1	B-2009- HOH
4	1	B-2025- HOH

#1: タンパク質	REDY-LIKE PROTEIN / HAPK 分子量: 11795.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HAHELLA CHEJUENSIS (バクテリア) / 株: KCTC2396 / プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q2S9J0
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	ABB69083.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 7% ISOPROPANOL, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.97949
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 35383 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 8 / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 44
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→28.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 4.098 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	918	5.2 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.191	16842	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1640	0	48	167	1855

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.305	1.947	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.773	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.343	24.253	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.64	15	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.196	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	725
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	154
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.205	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.161	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.831	1.5	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.203	2	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.907	3	725
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.926	4.5	655
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.232	69
R_work	0.232	1202

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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