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- PDB-2jd6: Crystal Structure of the as isolated Ferritin from the Hypertherm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jd6
タイトルCrystal Structure of the as isolated Ferritin from the Hyperthermophilic Archaeal Anaerobe Pyrococcus furiosus
要素FERRITIN HOMOLOG
キーワードMETAL TRANSPORT / IRON / PORES / FERRITIN / ARCHAEON / ENTRY CHANNELS / THERMOSTABILITY / HYPERTHERMOPHILE / FERROXIDASE CENTER
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / ferrous iron binding / intracellular iron ion homeostasis / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Ferritin, prokaryotic-type / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin homolog
類似検索 - 構成要素
生物種PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Tatur, J. / Hagen, W.R. / Matias, P.M.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the Ferritin from the Hyperthermophilic Archaeal Anaerobe Pyrococcus Furiosus
著者: Tatur, J. / Hagen, W.R. / Matias, P.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Characterization of a Ferritin from the Hyperthermophilic Archaeon and Anaerobe Pyrococcus Furiosus
著者: Matias, P.M. / Tatur, J. / Carrondo, M.A. / Hagen, W.R.
履歴
登録2007年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: FERRITIN HOMOLOG
1: FERRITIN HOMOLOG
2: FERRITIN HOMOLOG
3: FERRITIN HOMOLOG
4: FERRITIN HOMOLOG
5: FERRITIN HOMOLOG
6: FERRITIN HOMOLOG
7: FERRITIN HOMOLOG
8: FERRITIN HOMOLOG
9: FERRITIN HOMOLOG
A: FERRITIN HOMOLOG
B: FERRITIN HOMOLOG
C: FERRITIN HOMOLOG
D: FERRITIN HOMOLOG
E: FERRITIN HOMOLOG
F: FERRITIN HOMOLOG
G: FERRITIN HOMOLOG
H: FERRITIN HOMOLOG
I: FERRITIN HOMOLOG
J: FERRITIN HOMOLOG
K: FERRITIN HOMOLOG
L: FERRITIN HOMOLOG
M: FERRITIN HOMOLOG
N: FERRITIN HOMOLOG
O: FERRITIN HOMOLOG
P: FERRITIN HOMOLOG
Q: FERRITIN HOMOLOG
R: FERRITIN HOMOLOG
S: FERRITIN HOMOLOG
T: FERRITIN HOMOLOG
U: FERRITIN HOMOLOG
V: FERRITIN HOMOLOG
W: FERRITIN HOMOLOG
X: FERRITIN HOMOLOG
Y: FERRITIN HOMOLOG
Z: FERRITIN HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)737,845112
ポリマ－731,99236
非ポリマー5,85376
水14,232790
1
0: FERRITIN HOMOLOG
1: FERRITIN HOMOLOG
2: FERRITIN HOMOLOG
3: FERRITIN HOMOLOG
4: FERRITIN HOMOLOG
5: FERRITIN HOMOLOG
6: FERRITIN HOMOLOG
7: FERRITIN HOMOLOG
8: FERRITIN HOMOLOG
9: FERRITIN HOMOLOG
G: FERRITIN HOMOLOG
H: FERRITIN HOMOLOG
I: FERRITIN HOMOLOG
J: FERRITIN HOMOLOG
K: FERRITIN HOMOLOG
L: FERRITIN HOMOLOG
M: FERRITIN HOMOLOG
N: FERRITIN HOMOLOG
O: FERRITIN HOMOLOG
P: FERRITIN HOMOLOG
Q: FERRITIN HOMOLOG
R: FERRITIN HOMOLOG
Y: FERRITIN HOMOLOG
Z: FERRITIN HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)491,64172
ポリマ－487,99524
非ポリマー3,64648
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: FERRITIN HOMOLOG
B: FERRITIN HOMOLOG
C: FERRITIN HOMOLOG
D: FERRITIN HOMOLOG
E: FERRITIN HOMOLOG
F: FERRITIN HOMOLOG
S: FERRITIN HOMOLOG
T: FERRITIN HOMOLOG
U: FERRITIN HOMOLOG
V: FERRITIN HOMOLOG
W: FERRITIN HOMOLOG
X: FERRITIN HOMOLOG
ヘテロ分子

A: FERRITIN HOMOLOG
B: FERRITIN HOMOLOG
C: FERRITIN HOMOLOG
D: FERRITIN HOMOLOG
E: FERRITIN HOMOLOG
F: FERRITIN HOMOLOG
S: FERRITIN HOMOLOG
T: FERRITIN HOMOLOG
U: FERRITIN HOMOLOG
V: FERRITIN HOMOLOG
W: FERRITIN HOMOLOG
X: FERRITIN HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)492,40980
ポリマ－487,99524
非ポリマー4,41456
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)254.097, 341.422, 265.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141N
151O
161P
171Q
181R
191S
201T
211U
221V
231W
241X
251Y
261Z
2710
2811
2912
3013
3114
3215
3316
3417
3518
3619

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: 1

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUAK1717
21GLUGLUBL1717
31GLUGLUCM1717
41GLUGLUDN1717
51GLUGLUEO1717
61GLUGLUFP1717
71GLUGLUGQ1717
81GLUGLUHR1717
91GLUGLUIS1717
101GLUGLUJT1717
111GLUGLUKU1717
121GLUGLULV1717
131GLUGLUMW1717
141GLUGLUNX1717
151GLUGLUOY1717
161GLUGLUPZ1717
171GLUGLUQAA1717
181GLUGLURBA1717
193GLUGLUS - 1CA - B1717
203GLUGLUTDA1717
213GLUGLUUEA1717
223GLUGLUVFA1717
233GLUGLUWGA1717
243GLUGLUXHA1717
253GLUGLUYIA1717
263GLUGLUZJA1717
273GLUGLU0A1717
283GLUGLU1 - JB - T1717
293GLUGLU2 - KC - U1717
303GLUGLU3 - LD - V1717
313GLUGLU4 - ME - W1717
323GLUGLU5 - NF - X1717
333GLUGLU6 - OG - Y1717
343GLUGLU7 - PH - Z1717
353GLUGLU8 - QI - AA1717
363GLUGLU9 - RJ - BA1717
12HISHISAK50 - 5350 - 53
22HISHISBL50 - 5350 - 53
32HISHISCM50 - 5350 - 53
42HISHISDN50 - 5350 - 53
52HISHISEO50 - 5350 - 53
62HISHISFP50 - 5350 - 53
72HISHISGQ50 - 5350 - 53
82HISHISHR50 - 5350 - 53
92HISHISIS50 - 5350 - 53
102HISHISJT50 - 5350 - 53
112HISHISKU50 - 5350 - 53
122HISHISLV50 - 5350 - 53
132HISHISMW50 - 5350 - 53
142HISHISNX50 - 5350 - 53
152HISHISOY50 - 5350 - 53
162HISHISPZ50 - 5350 - 53
172HISHISQAA50 - 5350 - 53
182HISHISRBA50 - 5350 - 53
194HISHISSCA50 - 5350 - 53
204HISHISTDA50 - 5350 - 53
214HISHISUEA50 - 5350 - 53
224HISHISVFA50 - 5350 - 53
234HISHISWGA50 - 5350 - 53
244HISHISXHA50 - 5350 - 53
254HISHISYIA50 - 5350 - 53
264HISHISZJA50 - 5350 - 53
274HISHIS0A50 - 5350 - 53
284HISHIS1B50 - 5350 - 53
294HISHIS2C50 - 5350 - 53
304HISHIS3D50 - 5350 - 53
314HISHIS4E50 - 5350 - 53
324HISHIS5F50 - 5350 - 53
334HISHIS6G50 - 5350 - 53
344HISHIS7H50 - 5350 - 53
354HISHIS8I50 - 5350 - 53
364HISHIS9J50 - 5350 - 53

-
要素

#1: タンパク質 ...
FERRITIN HOMOLOG / FERRITIN


分子量: 20333.123 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROCOCCUS FURIOSUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U2T8
#2: 化合物...
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 790 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細EACH CHAIN CONTAINS TWO MONOMERS WITH GIVEN SEQUENCE.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.2 %
結晶化詳細: THE CRYSTALS USED FOR DATA COLLECTION WERE GROWN AGAINST 0.5 ML OF 2 M AMMONIUM SULPHATE RESERVOIR SOLUTION, WITH DROPS CONTAINING 2 MICRO-L OF 5 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 50 MM HEPES, PH 7 ...詳細: THE CRYSTALS USED FOR DATA COLLECTION WERE GROWN AGAINST 0.5 ML OF 2 M AMMONIUM SULPHATE RESERVOIR SOLUTION, WITH DROPS CONTAINING 2 MICRO-L OF 5 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 50 MM HEPES, PH 7 AND EQUAL AMOUNT OF THE RESERVOIR SOLUTION.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.7712
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→58.2 Å / Num. obs: 295335 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0021精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VLG

1vlg


解像度: 2.75→204.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 9.832 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ELECTRON DENSITY FOR C-TERMINAL RESIDUES BEYOND 167 (667) WAS NOT VISIBLE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 14914 5.1 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.198 280375 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.91 Å20 Å20 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→204.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49788 0 236 790 50814
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02251218
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.9869016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.33755978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.84224.7322665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.611159361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.32815252
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.26985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0239284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.225079
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.235029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.130.21854
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.074330939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2524.547994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.778623593
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.098921021
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 80 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.080.1
2Btight positional0.080.1
3Ctight positional0.080.1
4Dtight positional0.080.1
5Etight positional0.080.1
6Ftight positional0.080.1
7Gtight positional0.080.1
8Htight positional0.080.1
9Itight positional0.080.1
10Jtight positional0.080.1
11Ktight positional0.080.1
12Ltight positional0.080.1
13Mtight positional0.080.1
14Ntight positional0.080.1
15Otight positional0.080.1
16Ptight positional0.080.1
17Qtight positional0.080.1
18Rtight positional0.080.1
19Stight positional0.080.1
20Ttight positional0.080.1
21Utight positional0.080.1
22Vtight positional0.080.1
23Wtight positional0.080.1
24Xtight positional0.080.1
25Ytight positional0.080.1
26Ztight positional0.080.1
270tight positional0.080.1
281tight positional0.080.1
292tight positional0.080.1
303tight positional0.080.1
314tight positional0.080.1
325tight positional0.080.1
336tight positional0.080.1
347tight positional0.080.1
358tight positional0.080.1
369tight positional0.080.1
1Atight thermal0.581
2Btight thermal0.550.01
3Ctight thermal0.520
4Dtight thermal0.560
5Etight thermal0.750
6Ftight thermal0.540
7Gtight thermal0.560
8Htight thermal0.760
9Itight thermal0.330
10Jtight thermal0.410
11Ktight thermal0.370
12Ltight thermal0.380
13Mtight thermal0.580
14Ntight thermal0.50
15Otight thermal0.750
16Ptight thermal0.640
17Qtight thermal0.450
18Rtight thermal0.530
19Stight thermal0.581
20Ttight thermal0.550.01
21Utight thermal0.520
22Vtight thermal0.560
23Wtight thermal0.750
24Xtight thermal0.540
25Ytight thermal0.560
26Ztight thermal0.760
270tight thermal0.330
281tight thermal0.410
292tight thermal0.370
303tight thermal0.380
314tight thermal0.580
325tight thermal0.50
336tight thermal0.750
347tight thermal0.640
358tight thermal0.450
369tight thermal0.530
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.339 1028
Rwork0.276 19977

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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