PDB-2jb7: PAE2307 with AMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jb7

タイトル

PAE2307 with AMP

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN PAE2307

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / HYPOTHETICAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PYROBACULUM AEROPHILUM (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Rajasekaran, K. / Lott, J.S. / Johnston, J.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Pae2307 a Phosphotransferase
著者: Rajasekaran, K. / Lott, J.S. / Johnston, J.M. / Baker, E.N.

履歴

登録	2006年12月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jb7.cif.gz	116.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jb7.ent.gz	90.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/2jb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/2jb7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wvqS 2gl0 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2gl0-d 1wvq-1 1vgg-d 2d16-2 2d16-3 7c6z-d 1c7r-1 3lt5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN PAE2307

B: HYPOTHETICAL PROTEIN PAE2307

C: HYPOTHETICAL PROTEIN PAE2307

ヘテロ分子

56.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HYPOTHETICAL PROTEIN PAE2307

B: HYPOTHETICAL PROTEIN PAE2307

C: HYPOTHETICAL PROTEIN PAE2307

ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN PAE2307

B: HYPOTHETICAL PROTEIN PAE2307

C: HYPOTHETICAL PROTEIN PAE2307

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.133, 120.133, 156.251
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN PAE2307 分子量: 18322.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PYROBACULUM AEROPHILUM (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ZVF7
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.2 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.7 詳細: PAE2307(6MG/ML) WITH 0.5MM AMP IN 21% PEG4000, 200MM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE AND 100 MM TRIS HCL; PH 8.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.65
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月24日 / 詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, TOROID FOCUSING MIRROR
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.65 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→37.4 Å / Num. obs: 68521 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 27.9
反射シェル	解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0021	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WVQ

1wvq

解像度: 1.65→95.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.668 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	6864	10 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.172	61634	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→95.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3826	0	118	312	4256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4042
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.739	2.008	5500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.061	3	6763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.32	5	487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.988	23.824	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.309	15	692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.186	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	777
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.081	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.222	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.343	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.128	1.5	3143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.385	2	3973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.591	3	1827
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.563	4.5	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.286	506
R_work	0.217	4492

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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