PDB-2jan: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN UNLIGA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jan

タイトル

TYROSYL-TRNA SYNTHETASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN UNLIGANDED STATE

要素

TYROSYL-TRNA SYNTHETASE

キーワード

LIGASE / PROTEIN BIOSYNTHESIS / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / TRNA / TYRRS / TYROSINE / RNA-BINDING / ATP-BINDING / AMINOACYLATION / NUCLEOTIDE-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA aminoacylation / cell wall / tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / peptidoglycan-based cell wall / RNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Hartmann, M.D. / Shkolnaya, L.A. / Bourenkov, G.P. / Strizhov, N.I. / Bartunik, H.D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of Tyrosyl-tRNA Synthetase from Mycobacterium Tuberculosis
著者: Hartmann, M.D. / Shkolnaya, L.A. / Bourenkov, G.P. / Strizhov, N.I. / Bartunik, H.D.

履歴

登録	2006年11月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jan.cif.gz	311.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jan.ent.gz	254.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jan.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2jan_validation.pdf.gz	455 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2jan_full_validation.pdf.gz	482.2 KB	表示
XML形式データ	2jan_validation.xml.gz	56.3 KB	表示
CIF形式データ	2jan_validation.cif.gz	76.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/2jan ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/2jan	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ts1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7ap3-d 2xn9-d 6hb7-d 1yt5-d 5e37-d 4avm-1 7dey-d 21871 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE

B: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE

C: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE

D: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE

190 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE

D: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE

ソフトウェアが定義した集合体
94.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE

C: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE

ソフトウェアが定義した集合体
94.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.262, 78.440, 81.633
Angle α, β, γ (deg.)	74.42, 83.19, 82.95
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	5 - 38
2	1	1	1	B	5 - 38
1	1	2	1	C	5 - 39
2	1	2	1	D	5 - 39
1	1	3	1	B	40 - 46
2	1	3	1	C	40 - 46
3	1	3	1	D	40 - 46
1	1	4	1	A	47 - 77
2	1	4	1	B	47 - 77
1	1	5	1	C	47 - 61
2	1	5	1	D	47 - 61
1	1	6	1	C	63 - 77
2	1	6	1	D	63 - 77
1	1	7	1	A	105 - 113
2	1	7	1	B	105 - 113
1	1	8	1	A	114 - 125
2	1	8	1	B	114 - 125
1	1	9	1	A	127 - 161
2	1	9	1	B	127 - 161
1	1	10	1	C	102 - 111
2	1	10	1	D	102 - 111
1	1	11	1	C	112 - 116
2	1	11	1	D	112 - 116
1	1	12	1	C	117 - 141
2	1	12	1	D	117 - 141
1	1	13	1	C	143 - 205
2	1	13	1	D	143 - 205
1	1	14	1	A	163 - 326
2	1	14	1	B	163 - 326
1	1	15	1	A	328 - 370
2	1	15	1	B	328 - 370
1	1	16	1	A	372 - 378
2	1	16	1	B	372 - 378
1	1	17	1	A	383 - 396
2	1	17	1	B	383 - 396
1	1	18	1	A	397 - 400
2	1	18	1	B	397 - 400
3	1	18	1	C	397 - 400
4	1	18	1	D	397 - 400
1	1	19	1	A	401 - 424
2	1	19	1	B	401 - 424
1	1	20	1	C	207 - 424
2	1	20	1	D	207 - 424

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	TYROSYL-TRNA SYNTHETASE / TYROSINE-TRNA LIGASE / TYRRS 分子量: 47457.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HIS-TAG (LEHHHHHH) 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P67611, UniProt: P9WFT1*PLUS, tyrosine-tRNA ligase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	C-TERMINAL HIS-TAG (LEHHHHHH)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 10% (W/V) PEG 6000, 1 M LICL, 0.1 M HEPES AT PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月2日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→19.89 Å / Num. obs: 36581 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 2.92 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.63
反射シェル	解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.86 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TS1

2ts1

解像度: 2.9→19.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 18.497 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.46 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	1864	5.1 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.204	34713	98.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.78 Å²	-0.44 Å²	-0.16 Å²
2-	-	-1.27 Å²	2.53 Å²
3-	-	-	-0.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→19.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12468	0	0	105	12573

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	12736
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	8495
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.104	1.946	17317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.946	3	20508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.507	5	1635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.89	22.619	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.766	15	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.699	15	127
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	14483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	8730
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	6285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	7165
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.174	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.255	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.157	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.148	3	8353
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.091	3	3376
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.752	4	12861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.281	6	5069
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.812	9	4454
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	422	tight positional	0.02	0.05
2	1	C	442	tight positional	0.02	0.05
3	1	B	80	tight positional	0.02	0.05
3	2	C	80	tight positional	0.02	0.05
3	3	D	80	tight positional	0.02	0.05
4	1	A	402	tight positional	0.02	0.05
5	1	C	215	tight positional	0.02	0.05
6	1	C	163	tight positional	0.02	0.05
7	1	A	141	tight positional	0.03	0.05
8	1	A	139	tight positional	0.02	0.05
9	1	A	476	tight positional	0.02	0.05
10	1	C	153	tight positional	0.02	0.05
11	1	C	63	tight positional	0.01	0.05
12	1	C	316	tight positional	0.02	0.05
13	1	C	858	tight positional	0.02	0.05
14	1	A	2117	tight positional	0.03	0.05
15	1	A	428	tight positional	0.01	0.05
16	1	A	58	tight positional	0.01	0.05
17	1	A	172	tight positional	0.01	0.05
18	1	A	41	tight positional	0.01	0.05
18	2	B	41	tight positional	0.02	0.05
18	3	C	41	tight positional	0.01	0.05
18	4	D	41	tight positional	0.01	0.05
19	1	A	302	tight positional	0.02	0.05
20	1	C	2715	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	422	tight thermal	0.09	0.5
2	1	C	442	tight thermal	0.05	0.5
3	1	B	80	tight thermal	0.05	0.5
3	2	C	80	tight thermal	0.03	0.5
3	3	D	80	tight thermal	0.05	0.5
4	1	A	402	tight thermal	0.06	0.5
5	1	C	215	tight thermal	0.05	0.5
6	1	C	163	tight thermal	0.05	0.5
7	1	A	141	tight thermal	0.05	0.5
8	1	A	139	tight thermal	0.05	0.5
9	1	A	476	tight thermal	0.05	0.5
10	1	C	153	tight thermal	0.05	0.5
11	1	C	63	tight thermal	0.04	0.5
12	1	C	316	tight thermal	0.06	0.5
13	1	C	858	tight thermal	0.1	0.5
14	1	A	2117	tight thermal	0.07	0.5
15	1	A	428	tight thermal	0.03	0.5
16	1	A	58	tight thermal	0.03	0.5
17	1	A	172	tight thermal	0.06	0.5
18	1	A	41	tight thermal	0.05	0.5
18	2	B	41	tight thermal	0.05	0.5
18	3	C	41	tight thermal	0.04	0.5
18	4	D	41	tight thermal	0.05	0.5
19	1	A	302	tight thermal	0.11	0.5
20	1	C	2715	tight thermal	0.05	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	142	-
R_work	0.318	2469	-
obs	-	-	97.61 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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