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万見
- PDB-2j9p: Crystal structure of the Bacillus subtilis PBP4a, and its complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j9p
タイトルCrystal structure of the Bacillus subtilis PBP4a, and its complex with a peptidoglycan mimetic peptide.
要素D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
キーワードHYDROLASE / D-ALA-D-ALA- CARBOXYPEPTIDASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / PENICILLIN-BINDING PROTEIN / PEPTIDOGLYCAN / CELL DIVISION / BACILLUS SUBTILIS / CELL WALL / CELL SHAPE / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type carboxypeptidase activity / peptidoglycan metabolic process / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / membrane raft / cell division / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13 / Peptidase S13, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase 3 (S13) family / D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(bba) Sandwich / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-ALANINE / Chem-REZ / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sauvage, E. / Herman, R. / Kerff, F. / Duez, C. / Charlier, P.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the Bacillus subtilis penicillin-binding protein 4a, and its complex with a peptidoglycan mimetic peptide.
著者: Sauvage, E. / Duez, C. / Herman, R. / Kerff, F. / Petrella, S. / Anderson, J.W. / Adediran, S.A. / Pratt, R.F. / Frere, J.M. / Charlier, P.
履歴
登録2006年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年12月12日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.src_method / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
B: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1976
ポリマ－99,5262
非ポリマー6714
水00
1
A: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0983
ポリマ－49,7631
非ポリマー3352
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0983
ポリマ－49,7631
非ポリマー3352
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)73.859, 77.586, 164.739
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase DacC / DD-peptidase / Penicillin-binding protein 4a / PBP-4a


分子量: 49762.906 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 30-491 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: dacC, pbp, BSU18350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM110
参照: UniProt: P39844, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-REZ / (2R)-2-AMINO-7-{[(1R)-1-CARBOXYETHYL]AMINO}-7-OXOHEPTANOIC ACID


分子量: 246.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N2O5
#3: 化合物 ChemComp-DAL / D-ALANINE / D-アラニン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→24.6 Å / Num. obs: 21562 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W5D

1w5d


解像度: 2.8→19.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1848421.52 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 1049 4.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 21499 89.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.1097 Å2 / ksol: 0.354716 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.67 Å20 Å20 Å2
2--4.89 Å20 Å2
3---2.78 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.46 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6922 0 44 0 6966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.72.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 173 4.8 %
Rwork0.297 3461 -
obs--92.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5REZ.PARAMREZ.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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