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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j8i | ||||||
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タイトル | Structure of NP275, a pentapeptide repeat protein from Nostoc punctiforme | ||||||
![]() | NP275 | ||||||
![]() | TOXIN | ||||||
機能・相同性 | E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Hazleton, K.Z. / Blanchard, J.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Characterization of the Fusion of Two Pentapeptide Repeat Proteins, Np275 and Np276, from Nostoc Punctiforme: Resurrection of an Ancestral Protein. 著者: Vetting, M.W. / Hegde, S.S. / Hazleton, K.Z. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12496.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | PROTEIN SEQUENCE WITH ADDITIONAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.85 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.8 詳細: 30% PEG3350 100 MM NACACODYLATE PH 6.8 200MM LICL2 PROTEIN 25MG/ML |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 194 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→26.5 Å / Num. obs: 11358 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2BM5 解像度: 2.1→100.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 11.378 / SU ML: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.91 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→100.5 Å
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拘束条件 |
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