PDB-2j7n: Structure of the RNAi polymerase from Neurospora crassa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j7n

タイトル

Structure of the RNAi polymerase from Neurospora crassa

要素

RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE

キーワード

HYDROLASE / RNAI RESPONSE / RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear RNA-directed RNA polymerase complex / siRNA processing / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTP binding / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

NEUROSPORA CRASSA (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Salgado, P.S. / Koivunen, M.R.L. / Makeyev, E.V. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2006
タイトル: The Structure of an Rnai Polymerase Links RNA Silencing and Transcription.
著者: Salgado, P.S. / Koivunen, M.R.L. / Makeyev, E.V. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M.

履歴

登録	2006年10月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年7月5日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb2j7n.ent.gz	322.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	2j7n_full_validation.pdf.gz	578.1 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/2j7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/2j7n	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2j7oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fsw-2 5fsw-1 2j7o-1 3bga-d 7ns3-d 10817 3sq5-d 4k9w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE

B: RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE

ヘテロ分子

234 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.021, 122.553, 114.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.90, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B
1	6	A
2	6	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	2	A	A	470 - 646	90 - 266
2	1	1	GLU	GLU	LYS	LYS	2	B	B	470 - 646	90 - 266
1	1	2	VAL	VAL	ARG	ARG	2	A	A	647 - 807	267 - 427
2	1	2	VAL	VAL	ARG	ARG	2	B	B	647 - 807	267 - 427
1	2	2	VAL	VAL	HIS	HIS	2	A	A	914 - 1161	534 - 781
2	2	2	VAL	VAL	HIS	HIS	2	B	B	914 - 1161	534 - 781
1	1	3	ARG	ARG	GLN	GLN	2	A	A	837 - 888	457 - 508
2	1	3	ARG	ARG	GLN	GLN	2	B	B	837 - 888	457 - 508
1	2	3	ALA	ALA	GLY	GLY	2	A	A	1196 - 1372	816 - 992
2	2	3	ALA	ALA	GLY	GLY	2	B	B	1196 - 1372	816 - 992
1	1	4	ASP	ASP	ASN	ASN	4	A	A	808 - 836	428 - 456
2	1	4	ASP	ASP	ASN	ASN	4	B	B	808 - 836	428 - 456
1	1	5	LYS	LYS	ARG	ARG	4	A	A	887 - 913	507 - 533
2	1	5	LYS	LYS	ARG	ARG	4	B	B	887 - 913	507 - 533
1	1	6	ILE	ILE	GLY	GLY	4	A	A	1162 - 1195	782 - 815
2	1	6	ILE	ILE	GLY	GLY	4	B	B	1162 - 1195	782 - 815

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / HYPOTHETICAL PROTEIN NCU07534.1 分子量: 116708.938 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 381-1402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NEUROSPORA CRASSA (菌類) / プラスミド: PEM69 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): INVSC1 / 参照: UniProt: Q9Y7G6
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 920 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化	詳細: 100 MM TRISHCL PH 7.5, 150 MM NACL, 8% PEG 6000, AND 5 MM MGCL2.

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 114252 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.3 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SnB		位相決定
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 14.819 / SU ML: 0.193 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. A DIMER IS PRESENT IN THE ASYMMETRIC UNIT. HOWEVER EACH MONOMER HAS A NUMBER OF DOMAINS THAT ARE RELATED TO THEIR DIMERIC PARTNERS BY ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	5748	5 %	RANDOM
R_work	0.217	-	-	-
obs	0.219	108414	97.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15018	0	7	920	15945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	15406
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.524	1.955	20850
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.063	5	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.665	23.38	716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.02	15	2684
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.136	15	116
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11707
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.271	0.3	7930
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.328	0.5	10386
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.23	0.5	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.251	0.3	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.393	0.5	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.568	1.5	9523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.966	2	15057
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.34	3	6694
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.085	4.5	5793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	584	tight positional	0.08	0.05
1	2	B	584	tight positional	0.08	0.05
2	1	A	1636	tight positional	0.09	0.05
2	2	B	1636	tight positional	0.09	0.05
3	1	A	828	tight positional	0.07	0.05
3	2	B	828	tight positional	0.07	0.05
1	1	A	572	medium positional	0.46	0.3
1	2	B	572	medium positional	0.46	0.3
2	1	A	1604	medium positional	0.43	0.3
2	2	B	1604	medium positional	0.43	0.3
3	1	A	871	medium positional	0.42	0.3
3	2	B	871	medium positional	0.42	0.3
4	1	A	241	medium positional	0.43	0.3
4	2	B	241	medium positional	0.43	0.3
5	1	A	233	medium positional	0.82	0.3
5	2	B	233	medium positional	0.82	0.3
6	1	A	268	medium positional	0.53	0.3
6	2	B	268	medium positional	0.53	0.3
1	1	A	584	tight thermal	0.9	5
1	2	B	584	tight thermal	0.9	5
2	1	A	1636	tight thermal	1.45	5
2	2	B	1636	tight thermal	1.45	5
3	1	A	828	tight thermal	0.88	5
3	2	B	828	tight thermal	0.88	5
1	1	A	572	medium thermal	1.15	7
1	2	B	572	medium thermal	1.15	7
2	1	A	1604	medium thermal	1.69	7
2	2	B	1604	medium thermal	1.69	7
3	1	A	871	medium thermal	1.19	7
3	2	B	871	medium thermal	1.19	7
4	1	A	241	medium thermal	1.52	7
4	2	B	241	medium thermal	1.52	7
5	1	A	233	medium thermal	1.42	7
5	2	B	233	medium thermal	1.42	7
6	1	A	268	medium thermal	0.87	7
6	2	B	268	medium thermal	0.87	7

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.355	455
R_work	0.305	7801

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0509	0.9932	0.0525	5.3654	-0.1862	2.3665	0.0756	0.2729	0.9239	-0.0414	0.0879	0.8921	-0.5755	-0.4857	-0.1635	0.1034	0.1602	0.0091	-0.1085	0.149	0.2566	46.963	85.1208	47.7432
2	1.4366	-0.0001	-0.5943	0.4898	0.0632	1.4531	0.073	0.0434	-0.0048	-0.0944	-0.0595	0.0725	0.1103	-0.1785	-0.0136	-0.1791	0.0107	-0.0231	-0.2834	-0.0104	-0.1722	51.8377	56.7643	67.2763
3	3.1055	-0.4905	-0.5983	3.165	-0.9605	5.7841	0.0271	0.2201	0.1417	0.2302	0.0987	0.3586	-0.6385	-1.4584	-0.1258	-0.1104	0.1542	0.064	0.0976	0.0027	-0.2006	61.4774	104.1847	82.6035
4	8.2318	14.0399	0.4114	24.2465	0.9692	0.686	0.24	0.061	-0.0032	0.2116	-0.0113	-0.2319	-0.3176	0.154	-0.2287	-0.0276	-0.0627	0.0708	-0.0595	-0.0334	-0.1394	51.7376	71.2588	96.9307
5	4.0921	11.963	0.3127	34.9734	0.9142	0.0239	-0.0643	0.1316	0.6172	-0.2992	-0.0361	1.8304	-0.17	0.1696	0.1004	0.1188	-0.0213	0.0031	0.1983	-0.017	0.0842	49.6862	83.6822	88.7772
6	10.0745	10.2257	6.7615	21.1375	10.9708	11.77	-0.3015	-0.7618	1.1448	0.0251	-0.3108	0.1323	-1.5732	0.2373	0.6122	0.1007	-0.0968	0.0073	0.0948	-0.0591	0.1419	45.8145	83.1803	98.9139
7	4.9493	1.277	0.288	7.3166	0.0709	3.7509	0.0587	-0.3024	1.4241	0.0668	0.0577	-0.3456	-1.5877	0.7228	-0.1164	0.6045	-0.3662	0.1467	0.3365	-0.3646	0.448	100.1724	85.1662	119.8034
8	2.4255	0.2835	-0.7183	0.5677	-0.1223	2.2886	0.1706	-0.319	0.1217	0.062	-0.0362	-0.0701	-0.012	0.2445	-0.1344	-0.2055	-0.0309	-0.0267	-0.2741	-0.0164	-0.1599	96.8062	57.3107	98.7019
9	2.1954	0.5102	-0.3697	2.7835	-0.977	5.4472	-0.0103	0.0309	0.1715	0.1998	-0.1377	-0.3693	-0.6445	0.4527	0.1481	-0.0898	-0.0456	0.0051	-0.2526	0.0231	-0.1362	82.965	106.2471	77.9687
10	14.6637	-21.0211	2.146	30.1408	-3.0427	0.5007	0.6165	-0.1507	0.3233	-1.0158	-0.0692	-0.0462	0.0398	-0.2486	-0.5473	0.0626	0.0625	0.1234	-0.1221	0.0215	0.037	96.4786	71.9781	67.3835
11	10.0526	-14.2941	0.9936	21.2878	-1.6947	0.1807	0.0695	0.2209	0.3474	0.0741	-0.459	-1.253	0.0403	0.3353	0.3895	0.0871	0.0928	-0.042	0.0716	0.0008	0.1319	97.3901	87.1108	73.6408
12	8.8983	-12.663	8.1288	36.2595	-20.7792	17.1842	0.015	0.8874	0.9819	-0.5206	-0.1321	0.2734	-1.2232	-0.2096	0.1171	0.1649	0.0749	0.036	0.0999	0.0542	0.2518	102.3328	84.2474	64.8229

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	390 - 646
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	647 - 807
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	914 - 1161
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	837 - 888
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1196 - 1372
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	808 - 836
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	889 - 913
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1162 - 1195
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	390 - 646
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	647 - 807
11	X-RAY DIFFRACTION	8	B	914 - 1161
12	X-RAY DIFFRACTION	9	B	837 - 888
13	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1196 - 1372
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	808 - 836
15	X-RAY DIFFRACTION	11	B	889 - 913
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	1162 - 1195

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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