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万見
- PDB-2j6l: Structure of aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j6l
タイトルStructure of aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase
要素ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / NAD / REDUCTASE / LYSINE CATABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase activity / L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase / Choline catabolism / choline catabolic process / Lysine catabolism / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / aldehyde metabolic process / glycine betaine biosynthetic process from choline / aldehyde dehydrogenase (NAD+) ...L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase activity / L-aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase / Choline catabolism / choline catabolic process / Lysine catabolism / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / betaine-aldehyde dehydrogenase / aldehyde metabolic process / glycine betaine biosynthetic process from choline / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / sensory perception of sound / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1-like / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal ...Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1-like / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Alpha-aminoadipic semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Bunkoczi, G. / Guo, K. / Debreczeni, J.E. / Smee, C. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / von Delft, F. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Aldehyde Dehydrogenase 7A1 (Aldh7A1) is a Novel Enzyme Involved in Cellular Defense Against Hyperosmotic Stress.
著者: Brocker, C. / Lassen, N. / Estey, T. / Pappa, A. / Cantore, M. / Orlova, V.V. / Chavakis, T. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / Vasiliou, V.
履歴
登録2006年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
B: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
C: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
D: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
E: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
F: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
G: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
H: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)440,06339
ポリマ－433,3578
非ポリマー6,70631
水90,6335031
1
A: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
B: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
C: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
D: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,15121
ポリマ－216,6784
非ポリマー3,47317
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24180 Å2
ΔGint-148.2 kcal/mol
Surface area59430 Å2
手法PISA
2
E: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
F: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
G: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
H: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,91218
ポリマ－216,6784
非ポリマー3,23314
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24080 Å2
ΔGint-148.5 kcal/mol
Surface area59540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.289, 162.326, 159.016
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.17, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99749, -0.07081, 0.00304), (-0.07063, 0.98961, -0.12523), (0.00586, -0.12513, -0.99212)84.14275, 8.38721, 84.405
2given(-0.01081, -0.03674, -0.99927), (-0.02856, -0.99891, 0.03703), (-0.99953, 0.02894, 0.00975)82.69349, 77.22901, 79.40279
3given(0.01123, 0.08896, 0.99597), (0.09283, -0.99183, 0.08755), (0.99562, 0.09147, -0.01939)-3.01478, 69.95805, -3.24198
4given(-0.99987, -0.00255, -0.01599), (0.00197, -0.99934, 0.03638), (-0.01607, 0.03635, 0.99921)82.46516, 155.35196, -1.99684
5given(0.99745, 0.07098, 0.00808), (0.06999, -0.99363, 0.08838), (0.01431, -0.08759, -0.99605)-2.85341, 150.26486, 81.49325
6given(0.01825, 0.03129, 0.99934), (-0.01007, 0.99947, -0.03111), (-0.99978, -0.00949, 0.01856)-1.14134, 80.98677, 79.16087
7given(-0.02797, -0.10181, -0.99441), (-0.05036, 0.99368, -0.10032), (0.99834, 0.04728, -0.03293)85.86214, 85.65213, -2.3992

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要素

#1: タンパク質
ALDEHYDE DEHYDROGENASE FAMILY 7 MEMBER A1 / ANTIQUITIN-1 / AMINOADIPATE-SEMIALDEHYDE DEHYDROGENASE


分子量: 54169.602 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: P49419, aldehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物
ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化pH: 6.6
詳細: 0.1 M BTPROP PH 6.6, 0.20 M NABR, 23% PEG3350, 10% ETHYLENE GLYCOLE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9792
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月12日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→49.2 Å / Num. obs: 816066 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.33 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.91
反射 シェル解像度: 1.3→1.4 Å / 冗長度: 0.8 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / % possible all: 44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NZX

1nzx


解像度: 1.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 2.345 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 40940 5 %RANDOM
Rwork0.137 ---
obs0.14 775066 85.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20.31 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30238 0 375 5031 35644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02231702
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0221360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4731.96743100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.985352199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13353975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.17324.1851338
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.567155319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.41615201
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.24874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0235196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026281
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.26754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.223575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.215581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.215874
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.23396
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1770.231
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2850.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2880.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.014319711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.51638248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.893531796
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.646812551
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.1761111302
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 1176 -
Rwork0.323 21837 -
obs--32.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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