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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j68 | ||||||
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タイトル | Bacterial dynamin-like protein BDLP, GDP bound | ||||||
![]() | BACTERIAL DYNAMIN-LIKE PROTEIN | ||||||
![]() | HYDROLASE / DYNAMIN / FZO / FZL / GTPASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() dynamin GTPase / mitochondrial fusion / GTPase activity / lipid binding / GTP binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Low, H.H. / Lowe, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A Bacterial Dynamin-Like Protein 著者: Low, H.H. / Lowe, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 78717.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GDP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.74 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 26584 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 87.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2J69 解像度: 3.1→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
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溶媒の処理 | Bsol: 55.3435 Å2 / ksol: 0.339925 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 69.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.14 Å / Total num. of bins used: 27 /
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