PDB-2j67: The TIR domain of human Toll-Like Receptor 10 (TLR10)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j67

タイトル

The TIR domain of human Toll-Like Receptor 10 (TLR10)

要素

TOLL LIKE RECEPTOR 10

キーワード

RECEPTOR / TIR / IL-1 / TOLL / TLR10 / MEMBRANE / INFLAMMATORY RESPONSE / TOLL-LIKE RECEPTOR 10 / INNATE IMMUNITY / IMMUNE RESPONSE / LEUCINE-RICH REPEAT / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE

機能・相同性

機能・相同性情報

Toll Like Receptor 10 (TLR10) Cascade / cellular response to bacterial lipopeptide / lipopeptide binding / Toll-like receptor 2 binding / IRAK4 deficiency (TLR5) / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / toll-like receptor signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Stenmark, P. / Ogg, D. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. / Flores, A. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The Crystal Structure of the Human Toll-Like Receptor 10 Cytoplasmic Domain Reveals a Putative Signaling Dimer.
著者: Nyman, T. / Stenmark, P. / Flodin, S. / Johansson, I. / Hammarstrom, M. / Nordlund, P.

履歴

登録	2006年9月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j67.cif.gz	74.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j67.ent.gz	56.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j67.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2j67_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j67_full_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示
XML形式データ	2j67_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	2j67_validation.cif.gz	18.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/2j67	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fyvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3v4h-d 6p35-d 4jst-d 2yg2-d 3ocd-2 4n18-d 5cfm-d 3sln-3 4tqc-d 4jsy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (18) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (5) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (18)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (5)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (4)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)

登録構造単位

A: TOLL LIKE RECEPTOR 10

B: TOLL LIKE RECEPTOR 10

42.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.200, 43.300, 71.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TOLL LIKE RECEPTOR 10 分子量: 21289.283 Da / 分子数: 2 / 断片: TIR DOMAIN, RESIDUES 622-776 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BXR5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.16 %
結晶化	詳細: 0.2 M NASCN, 11% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.95373
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→23 Å / Num. obs: 19993 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FYV

1fyv

解像度: 2.2→23.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 12.12 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	1000	5 %	RANDOM
R_work	0.214	-	-	-
obs	0.216	18992	97.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.02 Å²	0 Å²	-0.93 Å²
2-	-	1.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2345	0	0	117	2462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2438
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.524	1.932	3303
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.954	3	4085
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.933	5	274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.406	23.516	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.871	15	414
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.217	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.198	0.2	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1183
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.144	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.19	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.171	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.356	2	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.714	3	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.187	4	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.532	5	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	66	-
R_work	0.233	1250	-
obs	-	-	88.74 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.0875	4.1882	-5.652	15.2355	12.7389	20.0282	0.3307	-0.014	-0.329	1.6831	-0.9221	0.9663	1.1585	-1.0468	0.5914	0.205	0.1319	0.1765	0.0514	0.0595	0.0906	42.566	22.264	61.469
2	2.3318	-0.4904	1.0248	3.267	-1.9113	3.9553	-0.0663	-0.114	0.0114	0.212	0.2906	0.0124	-0.6427	-0.1939	-0.2242	0.2384	0.0362	0.0894	-0.0741	-0.0215	0.0514	53.861	25.817	54.703
3	2.8241	-2.0021	1.2773	3.8455	-1.7449	5.7534	-0.0191	-0.0958	-0.3387	-0.144	0.2781	0.2767	0.2083	-0.4681	-0.2589	0.1513	-0.0574	0.047	-0.0885	-0.0134	0.0538	52.115	16.312	48.854
4	3.9884	-3.175	-2.6209	9.3192	3.8802	7.3404	-0.0481	0.1069	-0.2943	-0.4593	-0.0899	0.0661	0.5376	-0.1013	0.1379	0.1463	-0.0325	0.0465	0.0005	-0.0665	-0.0026	57.471	11.648	38.86
5	6.0024	-2.2108	2.1724	8.9923	-4.7396	5.1366	-0.0112	0.4948	0.032	-0.3536	0.0931	0.2308	0.0963	-0.7513	-0.082	0.159	-0.0469	0.0408	0.0647	0.0212	-0.0342	46.124	24.795	37.386
6	6.9648	1.6522	0.2764	6.258	-1.719	5.7049	-0.0205	-0.2302	0.208	0.261	0.0627	0.2081	-0.3234	0.3985	-0.0423	0.0975	0.0454	0.03	0.0392	-0.0138	0.0996	73.613	11.297	69.596
7	0	47.364	12.2078	0	18.5716	11.9969	1.1079	-1.6603	-0.2976	3.0432	-2.8356	-2.8426	-0.7602	1.0631	1.7278	0.2704	-0.2964	-0.1574	0.4611	-0.0071	0.1582	82.959	12.243	76.784
8	2.32	-2.2945	1.5359	2.7973	-0.2474	4.0787	0.0039	-0.0534	0.2217	-0.1654	-0.0395	-0.0843	-0.3371	0.5052	0.0357	0.0567	-0.0605	0.0463	0.0146	-0.0177	0.0317	71.956	15.993	61.634
9	4.0353	-1.9929	3.9788	5.1819	-4.5085	7.6024	0.4161	0.3743	-0.7084	-0.8835	-0.0817	0.3661	1.0436	0.6573	-0.3343	0.2434	0.0897	-0.0585	-0.0805	-0.1463	0.0843	70.254	3.268	57.115
10	9.0845	-1.7215	2.6391	8.8952	-5.8986	12.583	0.3089	-0.2004	-0.9367	0.0835	0.1278	0.2855	0.5951	0.5015	-0.4366	0.0159	0.1766	0.0709	0.1122	0.0368	0.0843	78.903	-2.495	70.637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	628 - 636
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	637 - 689
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	690 - 729
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	730 - 744
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	745 - 776
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	630 - 655
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	656 - 663
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	664 - 698
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	699 - 736
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	750 - 776

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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