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万見
- PDB-2j66: Structural characterisation of BtrK decarboxylase from butirosin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j66
タイトルStructural characterisation of BtrK decarboxylase from butirosin biosynthesis
要素BTRK
キーワードLYASE / BUTIROSIN / DECARBOXYLASE / AHBA BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


L-glutamyl-[BtrI acyl-carrier protein] decarboxylase / diaminopimelate decarboxylase activity / carboxy-lyase activity / : / antibiotic biosynthetic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate decarboxylase, LysA / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Diaminopimelate decarboxylase, LysA / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / L-glutamyl-[BtrI acyl-carrier protein] decarboxylase / L-glutamyl-[BtrI acyl-carrier protein] decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS CIRCULANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Popovic, B. / Li, Y. / Chirgadze, D.Y. / Blundell, T.L. / Spencer, J.B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Characterisation of Btrk Decarboxylase from Bacillus Circulans Butirosin Biosynthesis
著者: Popovic, B. / Li, Y. / Chirgadze, D.Y. / Blundell, T.L. / Spencer, J.B.
履歴
登録2006年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 9-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 10-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BTRK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1833
ポリマ－47,8731
非ポリマー3092
水4,161231
1
A: BTRK
ヘテロ分子

A: BTRK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3656
ポリマ－95,7472
非ポリマー6184
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.604, 128.814, 45.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 BTRK / DECARBOXYLASE


分子量: 47873.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MONOMER (PRESENT IN ASYMMETRIC UNIT) BUT ACTIVE AS CATALYTIC DIMER (GENERATED BY CRYSTALLOGRAPHIC 2-FOLD AXIS)
由来: (組換発現) BACILLUS CIRCULANS (バクテリア) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q4H4E6, UniProt: Q2L4H3*PLUS, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.975
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 51193 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 49.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1K00

1k00
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.65→30 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: THERE ARE A NUMBER OF BREAKS IN THE STRUCTURE IN THE LOOP REGIONS THAT WERE NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. THESE DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2235 2607 5.1 %RANDOM
Rwork0.2126 ---
obs0.2126 51447 99.8 %-
溶媒の処理Bsol: 56.845 Å2 / ksol: 0.403358 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.638 Å20 Å20 Å2
2--4.018 Å20 Å2
3----3.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3054 0 19 231 3304
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3PLPPATCH.PAR
X-RAY DIFFRACTION4EDO.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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