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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j5y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the GA module from F.magna | ||||||
![]() | PEPTOSTREPTOCOCCAL ALBUMIN-BINDING PROTEIN | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN-ANCHOR / PROTEIN BINDING BACTERIAL ALBUMIN-BINDING THREE-HELIX BUNDLE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lejon, S. / Cramer, J.F. / Nordberg, P.A. / Lundqvist, T. / Valegard, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a Bacterial Albumin-Binding Domain at 1.4A Resolution. 著者: Cramer, J.F. / Nordberg, P.A. / Hajdu, J. / Lejon, S. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure and Biological Implications of a Bacterial Albumin-Binding Module in Complex with Human Serum Albumin 著者: Lejon, S. / Frick, I.-M. / Bjorck, L. / Wikstrom, M. / Svensson, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 423.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1tf0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 2 / Auth seq-ID: -7 - 53 / Label seq-ID: 1 - 61
NCS oper: (Code: given Matrix: (-1, 0.00041, -0.0006), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6819.855 Da / 分子数: 2 / 断片: ALBUMIN-BINDING DOMAIN, RESIDUES 213-265 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET28 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | GA DOMAIN OF PROTEIN PAB, SPANNING AMINO ACIDS 213-265. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.5 % |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 22-26% (W/V) PEG 3350, 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.5, 100 MM AMMONIUM ACETATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月9日 / 詳細: PT-COATED MIRRORS IN KB GEOMETRY |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→40 Å / Num. obs: 22273 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 72.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1TF0, CHAIN B 解像度: 1.4→40.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.055 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.DISORDERED SIDE CHAINS HAVE BEEN MODELLED WITH ZERO OCCUPANCY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→40.56 Å
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拘束条件 |
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