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- PDB-2j5y: Crystal structure of the GA module from F.magna -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j5y
タイトルCrystal structure of the GA module from F.magna
要素PEPTOSTREPTOCOCCAL ALBUMIN-BINDING PROTEIN
キーワードPROTEIN BINDING / CELL WALL / PEPTIDOGLYCAN-ANCHOR / PROTEIN BINDING BACTERIAL ALBUMIN-BINDING THREE-HELIX BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Albumin-binding domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Albumin-binding domain / Repeat of unknown function DUF5633 / Family of unknown function (DUF5633) / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptostreptococcal albumin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種PEPTOSTREPTOCOCCUS MAGNUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Lejon, S. / Cramer, J.F. / Nordberg, P.A. / Lundqvist, T. / Valegard, K.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of a Bacterial Albumin-Binding Domain at 1.4A Resolution.
著者: Cramer, J.F. / Nordberg, P.A. / Hajdu, J. / Lejon, S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure and Biological Implications of a Bacterial Albumin-Binding Module in Complex with Human Serum Albumin
著者: Lejon, S. / Frick, I.-M. / Bjorck, L. / Wikstrom, M. / Svensson, S.
履歴
登録2006年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTOSTREPTOCOCCAL ALBUMIN-BINDING PROTEIN
B: PEPTOSTREPTOCOCCAL ALBUMIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6402
ポリマ－13,6402
非ポリマー00
水3,297183
1
A: PEPTOSTREPTOCOCCAL ALBUMIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8201
ポリマ－6,8201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PEPTOSTREPTOCOCCAL ALBUMIN-BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8201
ポリマ－6,8201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)25.784, 58.068, 40.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 2 / Auth seq-ID: -7 - 53 / Label seq-ID: 1 - 61

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BB
2AA

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.00041, -0.0006), (-0.00041, -1, -0.00038), (-0.0006, -0.00038, 1)
ベクター: 12.89728, 1.58441, 20.28773)

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要素

#1: タンパク質 PEPTOSTREPTOCOCCAL ALBUMIN-BINDING PROTEIN / GA MODULE


分子量: 6819.855 Da / 分子数: 2 / 断片: ALBUMIN-BINDING DOMAIN, RESIDUES 213-265 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PEPTOSTREPTOCOCCUS MAGNUS (バクテリア)
プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51911
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GA DOMAIN OF PROTEIN PAB, SPANNING AMINO ACIDS 213-265.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.5 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 22-26% (W/V) PEG 3350, 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE PH 7.5, 100 MM AMMONIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月9日 / 詳細: PT-COATED MIRRORS IN KB GEOMETRY
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→40 Å / Num. obs: 22273 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 72.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TF0, CHAIN B

1tf0


解像度: 1.4→40.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.055 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.DISORDERED SIDE CHAINS HAVE BEEN MODELLED WITH ZERO OCCUPANCY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 1152 5.2 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs0.151 21101 94.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å2-0.03 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→40.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数960 0 0 183 1143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221051
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.9281443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9635144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.00225.91849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5815191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.325152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02798
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.2745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8681.5670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.74921062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0173424
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5454.5370
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
237tight positional0.070.05
230medium positional0.370.5
237tight thermal0.470.5
230medium thermal1.52
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.231 45
Rwork0.189 1100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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