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万見
- PDB-2j5b: Structure of the Tyrosyl tRNA synthetase from Acanthamoeba polyph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j5b
タイトルStructure of the Tyrosyl tRNA synthetase from Acanthamoeba polyphaga Mimivirus complexed with tyrosynol
要素TYROSYL-TRNA SYNTHETASE
キーワードLIGASE / PROTEIN BIOSYNTHESIS / ATP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tyrosine binding / tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-[(2S)-2-amino-3-hydroxypropyl]phenol / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種ACANTHAMOEBA POLYPHAGA MIMIVIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Abergel, C. / Rudinger-thirion, J. / Giege, R. / Claverie, J.M.
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2007
タイトル: Virus-Encoded Aminoacyl-tRNA Synthetases: Structural and Functional Characterization of Mimivirus Tyrrs and Metrs.
著者: Abergel, C. / Rudinger-Thirion, J. / Giege, R. / Claverie, J.M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Mimivirus Tyrrs: Preliminary Structural and Functional Characterization of the First Amino- Acyl tRNA Synthetase Found in a Virus.
著者: Abergel, C. / Chenivesse, S. / Byrne, D. / Suhre, K. / Arondel, V. / Claverie, J.-M.
履歴
登録2006年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月17日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE
B: TYROSYL-TRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1264
ポリマ－79,7912
非ポリマー3342
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-21.1 kcal/mol
Surface area29100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.502, 107.300, 148.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.10962, -0.99355, -0.02886), (-0.99394, 0.1098, -0.00465), (0.00779, 0.02817, -0.99957)
ベクター: 106.36381, 94.10122, 57.46155)

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要素

#1: タンパク質 TYROSYL-TRNA SYNTHETASE / TYROSINE-TRNA LIGASE / TYRRS / TYROSYL-TRNA SYNTHETASE


分子量: 39895.703 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-346 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ACANTHAMOEBA POLYPHAGA MIMIVIRUS (ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q5UPJ7, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-TYE / 4-[(2S)-2-amino-3-hydroxypropyl]phenol / tyrosinol / bound form of TYROSINAL / L-チロシノ-ル


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 167.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N TERMINAL EXTENSION DUE TO GATEWAY CLONING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.18 %
解説: STRUCTURE WAS SOLVED USING TYRRS WITH SELENO SUBSTITUTED METHIONINE AND INCOMPLETE MAD DATASET AT 3.5 AMGSTROM RESOLUTION. THE UNREFINED CONSTRUCTION WAS USED AS MODEL FOR MOLECULAR ...解説: STRUCTURE WAS SOLVED USING TYRRS WITH SELENO SUBSTITUTED METHIONINE AND INCOMPLETE MAD DATASET AT 3.5 AMGSTROM RESOLUTION. THE UNREFINED CONSTRUCTION WAS USED AS MODEL FOR MOLECULAR REPLACEMENT WITH THE NATIVE DATASET
結晶化pH: 5.5
詳細: RESERVOIR: 0.1 M SODIUM CITRATE BUFFER PH 5.5, PEG 4000 8% (W/V), 15% MPD (V/V), 0.1M KCL, 1MM MGCL2 DROPLET: 2 MICROL TYRRS 14 MG/ML IN 20 MM TRIS PH 7.4, 1MM TYROSINOL, 1MM ATP 0.5 MICROL RESERVOIR

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97925
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月19日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→87 Å / Num. obs: 52537 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 25.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 2.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LOW RESOLUTION MAD STRUCTURE

解像度: 2.2→29.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2137340.15 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: CHAIN A WAS NOT MODELED. DISORDERED REGION 142 TO 158 CHAIN B WAS NOT MODELED. DISORDERED REGION 223 TO 226 CHAIN B WAS MODELED USING RESIDUAL DENSITY AND STEREOCHEMISTRY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2641 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 52432 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.7184 Å2 / ksol: 0.32568 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.07 Å20 Å20 Å2
2--5.05 Å20 Å2
3----0.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5169 0 24 330 5523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.482.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 462 5.4 %
Rwork0.248 8152 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TYB.PARAMTYB.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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