PDB-2j58: The structure of Wza

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2j58

タイトル

The structure of Wza

要素

OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

polysaccharide transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Dong, C. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Wza the Translocon for E. Coli Capsular Polysaccharides Defines a New Class of Membrane Protein.
著者: Dong, C. / Beis, K. / Nesper, J. / Brunkan-Lamontagne, A.L. / Clarke, B.R. / Whitfield, C. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2006年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2025年4月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2j58.cif.gz	577.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2j58.ent.gz	483.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2j58.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2j58_validation.pdf.gz	540.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2j58_full_validation.pdf.gz	606.5 KB	表示
XML形式データ	2j58_validation.xml.gz	142.7 KB	表示
CIF形式データ	2j58_validation.cif.gz	182.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/2j58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/2j58	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	20953 6qnw-1 6qpf-1 2hv7-d 6qpf-2 6qpg-1 1pn0-d 6qpf-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
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DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
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光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

B: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

C: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

D: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

E: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

F: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

G: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

H: OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA

ヘテロ分子

324 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.719, 215.268, 220.892
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	ARG	ARG	A	A	89 - 169	69 - 149
2	1	VAL	VAL	ARG	ARG	B	B	89 - 169	69 - 149
3	1	VAL	VAL	ARG	ARG	C	C	89 - 169	69 - 149
4	1	VAL	VAL	ARG	ARG	D	D	89 - 169	69 - 149
5	1	VAL	VAL	ARG	ARG	E	E	89 - 169	69 - 149
6	1	VAL	VAL	ARG	ARG	F	F	89 - 169	69 - 149
7	1	VAL	VAL	ARG	ARG	G	G	89 - 169	69 - 149
8	1	VAL	VAL	ARG	ARG	H	H	89 - 169	69 - 149
1	2	LYS	LYS	ILE	ILE	A	A	172 - 249	152 - 229
2	2	LYS	LYS	ILE	ILE	B	B	172 - 249	152 - 229
3	2	LYS	LYS	ILE	ILE	C	C	172 - 249	152 - 229
4	2	LYS	LYS	ILE	ILE	D	D	172 - 249	152 - 229
5	2	LYS	LYS	ILE	ILE	E	E	172 - 249	152 - 229
6	2	LYS	LYS	ILE	ILE	F	F	172 - 249	152 - 229
7	2	LYS	LYS	ILE	ILE	G	G	172 - 249	152 - 229
8	2	LYS	LYS	ILE	ILE	H	H	172 - 249	152 - 229
1	3	LYS	LYS	VAL	VAL	A	A	256 - 342	236 - 322
2	3	LYS	LYS	VAL	VAL	B	B	256 - 342	236 - 322
3	3	LYS	LYS	VAL	VAL	C	C	256 - 342	236 - 322
4	3	LYS	LYS	VAL	VAL	D	D	256 - 342	236 - 322
5	3	LYS	LYS	VAL	VAL	E	E	256 - 342	236 - 322
6	3	LYS	LYS	VAL	VAL	F	F	256 - 342	236 - 322
7	3	LYS	LYS	VAL	VAL	G	G	256 - 342	236 - 322
8	3	LYS	LYS	VAL	VAL	H	H	256 - 342	236 - 322
1	4	PRO	PRO	TYR	TYR	A	A	346 - 373	326 - 353
2	4	PRO	PRO	TYR	TYR	B	B	346 - 373	326 - 353
3	4	PRO	PRO	TYR	TYR	C	C	346 - 373	326 - 353
4	4	PRO	PRO	TYR	TYR	D	D	346 - 373	326 - 353
5	4	PRO	PRO	TYR	TYR	E	E	346 - 373	326 - 353
6	4	PRO	PRO	TYR	TYR	F	F	346 - 373	326 - 353
7	4	PRO	PRO	TYR	TYR	G	G	346 - 373	326 - 353
8	4	PRO	PRO	TYR	TYR	H	H	346 - 373	326 - 353

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN WZA / WZA 分子量: 40100.812 Da / 分子数: 8 / 断片: MATURE PROTEIN, RESIDUES 21-379 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ACYLATED AT CYS 21 SELENOMETHIONINE DERIVATIVE. / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: O9A\:K30 / プラスミド: PWQ126 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): LE392 / 参照: UniProt: Q9X4B7
#2: 化合物	ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン分子量: 114.229 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈
#3: 化合物	ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン分子量: 86.175 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE MATURE PROTEIN IS CLEAVED AND ACYLATED AT RESIDUE 21 (CYS). THE PROTEIN IS ALSO CLEAVED IN THE ...THE MATURE PROTEIN IS CLEAVED AND ACYLATED AT RESIDUE 21 (CYS). THE PROTEIN IS ALSO CLEAVED IN THE EXPRESSION STRAIN.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.41 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→108 Å / Num. obs: 200359 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 2.26→2.32 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.25→107.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 9.911 / SU ML: 0.131 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	10587	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.19	200359	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→107.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22040	0	192	1634	23866

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	22584
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.292	1.97	30688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.194	5	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.975	24.918	976
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.887	15	3808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.923	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	3576
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	16808
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.3	10758
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.325	0.5	15411
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.5	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.24	0.3	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.259	0.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.17	1.5	14406
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.165	2	22992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.282	3	9123
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.245	4.5	7696
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	324	tight positional	0.03	0.05
1	2	B	324	tight positional	0.03	0.05
1	3	C	324	tight positional	0.03	0.05
1	4	D	324	tight positional	0.03	0.05
1	5	E	324	tight positional	0.03	0.05
1	6	F	324	tight positional	0.03	0.05
1	7	G	324	tight positional	0.03	0.05
1	8	H	324	tight positional	0.04	0.05
2	1	A	312	tight positional	0.03	0.05
2	2	B	312	tight positional	0.03	0.05
2	3	C	312	tight positional	0.04	0.05
2	4	D	312	tight positional	0.03	0.05
2	5	E	312	tight positional	0.04	0.05
2	6	F	312	tight positional	0.04	0.05
2	7	G	312	tight positional	0.04	0.05
2	8	H	312	tight positional	0.04	0.05
3	1	A	348	tight positional	0.04	0.05
3	2	B	348	tight positional	0.04	0.05
3	3	C	348	tight positional	0.04	0.05
3	4	D	348	tight positional	0.05	0.05
3	5	E	348	tight positional	0.04	0.05
3	6	F	348	tight positional	0.04	0.05
3	7	G	348	tight positional	0.05	0.05
3	8	H	348	tight positional	0.04	0.05
4	1	A	112	tight positional	0.04	0.05
4	2	B	112	tight positional	0.03	0.05
4	3	C	112	tight positional	0.04	0.05
4	4	D	112	tight positional	0.03	0.05
4	5	E	112	tight positional	0.04	0.05
4	6	F	112	tight positional	0.04	0.05
4	7	G	112	tight positional	0.04	0.05
4	8	H	112	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	304	medium positional	0.45	0.5
1	2	B	304	medium positional	0.42	0.5
1	3	C	304	medium positional	0.55	0.5
1	4	D	304	medium positional	0.43	0.5
1	5	E	304	medium positional	0.44	0.5
1	6	F	304	medium positional	0.47	0.5
1	7	G	304	medium positional	0.37	0.5
1	8	H	304	medium positional	0.45	0.5
2	1	A	279	medium positional	0.35	0.5
2	2	B	279	medium positional	0.45	0.5
2	3	C	279	medium positional	0.41	0.5
2	4	D	279	medium positional	0.36	0.5
2	5	E	279	medium positional	0.51	0.5
2	6	F	279	medium positional	0.48	0.5
2	7	G	279	medium positional	0.37	0.5
2	8	H	279	medium positional	0.44	0.5
3	1	A	311	medium positional	0.27	0.5
3	2	B	311	medium positional	0.51	0.5
3	3	C	311	medium positional	0.38	0.5
3	4	D	311	medium positional	0.44	0.5
3	5	E	311	medium positional	0.52	0.5
3	6	F	311	medium positional	0.33	0.5
3	7	G	311	medium positional	0.52	0.5
3	8	H	311	medium positional	0.41	0.5
4	1	A	117	medium positional	0.48	0.5
4	2	B	117	medium positional	0.21	0.5
4	3	C	117	medium positional	0.35	0.5
4	4	D	117	medium positional	0.28	0.5
4	5	E	117	medium positional	0.45	0.5
4	6	F	117	medium positional	0.22	0.5
4	7	G	117	medium positional	0.32	0.5
4	8	H	117	medium positional	0.34	0.5
1	1	A	324	tight thermal	0.08	0.5
1	2	B	324	tight thermal	0.07	0.5
1	3	C	324	tight thermal	0.08	0.5
1	4	D	324	tight thermal	0.07	0.5
1	5	E	324	tight thermal	0.08	0.5
1	6	F	324	tight thermal	0.08	0.5
1	7	G	324	tight thermal	0.07	0.5
1	8	H	324	tight thermal	0.09	0.5
2	1	A	312	tight thermal	0.09	0.5
2	2	B	312	tight thermal	0.09	0.5
2	3	C	312	tight thermal	0.11	0.5
2	4	D	312	tight thermal	0.09	0.5
2	5	E	312	tight thermal	0.1	0.5
2	6	F	312	tight thermal	0.11	0.5
2	7	G	312	tight thermal	0.11	0.5
2	8	H	312	tight thermal	0.11	0.5
3	1	A	348	tight thermal	0.12	0.5
3	2	B	348	tight thermal	0.12	0.5
3	3	C	348	tight thermal	0.13	0.5
3	4	D	348	tight thermal	0.11	0.5
3	5	E	348	tight thermal	0.12	0.5
3	6	F	348	tight thermal	0.13	0.5
3	7	G	348	tight thermal	0.13	0.5
3	8	H	348	tight thermal	0.12	0.5
4	1	A	112	tight thermal	0.08	0.5
4	2	B	112	tight thermal	0.09	0.5
4	3	C	112	tight thermal	0.08	0.5
4	4	D	112	tight thermal	0.08	0.5
4	5	E	112	tight thermal	0.07	0.5
4	6	F	112	tight thermal	0.08	0.5
4	7	G	112	tight thermal	0.09	0.5
4	8	H	112	tight thermal	0.08	0.5
1	1	A	304	medium thermal	0.53	2
1	2	B	304	medium thermal	0.55	2
1	3	C	304	medium thermal	0.64	2
1	4	D	304	medium thermal	0.44	2
1	5	E	304	medium thermal	0.51	2
1	6	F	304	medium thermal	0.52	2
1	7	G	304	medium thermal	0.53	2
1	8	H	304	medium thermal	0.54	2
2	1	A	279	medium thermal	0.68	2
2	2	B	279	medium thermal	0.63	2
2	3	C	279	medium thermal	0.71	2
2	4	D	279	medium thermal	0.65	2
2	5	E	279	medium thermal	0.66	2
2	6	F	279	medium thermal	0.8	2
2	7	G	279	medium thermal	0.69	2
2	8	H	279	medium thermal	0.71	2
3	1	A	311	medium thermal	0.7	2
3	2	B	311	medium thermal	0.79	2
3	3	C	311	medium thermal	0.79	2
3	4	D	311	medium thermal	0.74	2
3	5	E	311	medium thermal	0.82	2
3	6	F	311	medium thermal	0.77	2
3	7	G	311	medium thermal	0.87	2
3	8	H	311	medium thermal	0.84	2
4	1	A	117	medium thermal	0.51	2
4	2	B	117	medium thermal	0.54	2
4	3	C	117	medium thermal	0.74	2
4	4	D	117	medium thermal	0.53	2
4	5	E	117	medium thermal	0.66	2
4	6	F	117	medium thermal	0.49	2
4	7	G	117	medium thermal	0.56	2
4	8	H	117	medium thermal	0.52	2

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	701	-
R_work	0.25	13871	-
obs	-	-	94.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6643	-0.0779	0.056	0.6811	-0.2459	0.1737	0.0007	-0.2006	0.5094	0.1103	0.0188	-0.0469	-0.1149	-0.0093	-0.0195	-0.0493	-0.0039	0.0103	-0.1514	-0.1112	0.0713	59.875	114.699	31.156
2	1.3625	-0.2482	-0.3358	0.9193	0.1321	0.5173	0.0319	-0.084	0.3134	0.0346	0.0084	-0.1615	-0.0753	0.0803	-0.0402	-0.1129	-0.0217	0.0015	-0.1669	-0.018	-0.0389	75.902	103.049	21.993
3	1.6712	-0.0629	-0.0537	0.1378	0.0225	0.7224	0.0151	0.2807	-0.1464	-0.0941	-0.0103	0.0182	0.0925	-0.0365	-0.0048	-0.0687	0.0032	-0.0011	-0.1038	-0.0305	-0.1832	40.145	72.435	-2.097
4	1.1245	0.0328	0.48	0.8571	0.0648	0.5289	-0.0194	-0.149	0.4123	0.0683	0.0266	0.059	-0.1093	-0.1242	-0.0071	-0.0824	0.0076	0.0322	-0.1485	-0.0871	0.0545	38.05	114.077	30.473
5	0.9241	-0.0532	0.2237	0.6643	0.2655	0.3743	-0.0011	-0.0242	0.2748	-0.0158	0.0326	0.0938	-0.0293	-0.0777	-0.0316	-0.1087	0.0031	0.0193	-0.1482	-0.0012	-0.058	23.241	101.423	20.402
6	1.1316	-0.3916	-0.2654	0.6527	0.13	0.9869	-0.0092	0.1466	0.0071	-0.0578	-0.0261	0.1231	0.0534	-0.1035	0.0352	-0.1202	-0.0082	-0.0186	-0.1342	0.006	-0.1514	24.132	84.158	7.001
7	0.9551	0.3743	-0.0123	0.596	0.2298	0.4584	-0.0017	0.1424	0.0843	-0.011	-0.008	-0.152	0.0039	0.0464	0.0097	-0.1062	0.004	0.0203	-0.132	0.0065	-0.1419	76.778	85.941	8.414
8	1.6675	0.6836	0.0614	0.7832	0.011	0.6699	-0.0075	0.2572	-0.1334	-0.0749	0.0109	-0.126	0.0722	0.0728	-0.0033	-0.097	0.0149	0.0261	-0.102	-0.0364	-0.1777	61.974	73.165	-1.535
9	1	0.0831	-0.6485	2.0315	-1.4941	3.1159	0.0117	-0.4758	0.2349	0.2632	-0.0902	-0.213	-0.3419	0.1063	0.0786	0.0304	-0.0418	-0.0569	0.0926	-0.1197	-0.1162	63.261	91.526	59.893
10	1.3295	-0.6012	-0.1936	3.1871	-0.6803	1.7597	0.0169	-0.702	-0.2198	0.3514	0.0136	-0.0409	-0.0547	0.0314	-0.0304	0.1829	-0.0842	-0.0359	0.5367	0.0369	-0.1951	53.404	71.177	83.793
11	0.6949	0.3699	0.1307	1.3996	-1.4174	3.9211	-0.0491	-0.1941	0.0255	0.0905	-0.1962	-0.3537	-0.0716	0.3649	0.2452	-0.0687	-0.0197	-0.0505	-0.0137	0.0298	-0.0969	78.085	77.977	49.298
12	1.0163	0.3381	-0.5415	3.9468	-0.9998	1.8854	-0.0248	-0.5827	-0.2506	0.4235	0.0233	-0.1198	0.0704	0.0213	0.0015	0.1117	-0.0545	-0.1058	0.3862	0.1388	-0.1267	70.249	63.271	77.668
13	1.7904	-0.4088	0.6504	1.8489	-1.2398	2.3358	0.0012	0.0122	-0.2417	-0.2561	0.0246	0.0554	0.1975	-0.1744	-0.0259	-0.0622	-0.0299	-0.0064	-0.1918	0.041	-0.1099	36.488	50.006	27.114
14	2.2958	-0.711	0.1019	0.9325	-0.6243	2.008	0.0807	-0.5009	-0.4478	0.0884	-0.0337	0.0885	-0.0443	-0.012	-0.0471	-0.0203	-0.0448	-0.0327	-0.0372	0.2645	0.1227	46.179	31.512	52.551
15	1.3755	0.2892	-1.0123	2.1945	-1.904	2.7895	0.1214	-0.4057	0.3178	0.4162	-0.0638	-0.024	-0.4186	-0.0388	-0.0575	0.0605	-0.0265	0.0187	0.1116	-0.1343	-0.1419	40.59	92.956	60.893
16	2.0054	-0.6986	0.9687	3.2196	-1.2722	1.0345	0.0251	-0.7453	-0.1215	0.3662	0.0113	-0.0336	-0.0334	-0.0574	-0.0364	0.1595	-0.0668	0.0822	0.487	0.0737	-0.1805	34.432	67.472	80.758
17	1.423	0.4107	-0.2554	2.893	-2.2262	1.8931	0.0184	-0.2758	0.257	0.2894	0.1149	0.293	-0.2479	-0.2785	-0.1334	-0.0118	-0.0018	0.0666	0.0499	-0.0487	-0.1705	23.363	81.411	51.707
18	1.7153	-0.8091	1.2788	2.1987	-1.1776	2.5443	0.0429	-0.6783	-0.1566	0.3191	0.0456	-0.0102	0.033	-0.0351	-0.0884	0.0464	-0.044	0.0908	0.315	0.1763	-0.0839	24.463	54.292	70.367
19	0.8913	0.0077	0.3604	2.6886	-1.8412	2.2163	-0.0488	-0.1453	-0.0777	0.0213	0.241	0.3206	-0.0765	-0.3362	-0.1922	-0.1027	-0.0155	0.0342	-0.0906	0.0585	-0.136	21.713	63.542	37.698
20	1.5849	-0.4039	-0.1018	1.8519	-0.7951	3.6617	0.0378	-0.5691	-0.3433	0.2739	0.0012	0.1352	-0.0041	0.0286	-0.0389	-0.0347	-0.0464	0.0254	0.0708	0.2561	0.041	29.33	39.416	58.666
21	1.6654	-0.3679	0.8255	1.3748	-1.8734	3.4636	0.045	-0.004	-0.1906	-0.2093	-0.2104	-0.3434	0.3035	0.2299	0.1654	-0.0566	0.0144	0.005	-0.1564	0.0753	-0.0436	76.436	60.216	35.308
22	1.3136	0.7572	-0.1784	2.1972	-0.833	2.4676	0.1123	-0.4834	-0.411	0.2829	-0.0966	-0.1344	0.0739	-0.0723	-0.0158	0.0148	-0.0487	-0.1228	0.1948	0.259	0.0335	75.147	48.382	65.97
23	1.355	-0.4649	0.6654	1.9032	-1.8463	3.1028	0.0928	0.073	-0.3628	-0.3596	-0.0572	-0.046	0.3565	-0.0234	-0.0357	-0.0399	0.0032	0.009	-0.2106	0.0195	-0.0544	59.222	48.553	26.125
24	2.6206	0.9019	-0.4013	1.0475	-0.4828	3.1213	0.1064	-0.4786	-0.4279	0.2067	-0.1053	-0.1479	0.12	-0.1109	-0.0012	-0.0163	-0.0319	-0.0489	0.011	0.2664	0.1047	65.155	35.182	55.512
25	14.624	-4.9348	22.6616	5.0337	-13.4623	47.1447	-0.2371	0.1376	0.5855	-0.9066	0.1548	0.1952	0.9095	-0.6232	0.0823	0.1932	0.0169	-0.0068	-0.0061	0.2752	0.3076	41.345	124.001	-6.422
26	18.9645	-17.0957	18.5114	22.9696	-23.9313	26.2445	0.1634	0.2616	0.4155	-0.4635	0.1519	0.4895	0.2232	-0.4813	-0.3153	0.0985	0.0108	0.0237	0.0218	0.2401	0.3348	51.674	126.57	-4.61
27	15.2257	18.8386	-8.6072	51.4484	-27.3338	16.4249	-0.5827	0.9277	0.4711	0.3634	0.7549	-0.4912	-0.9294	0.0375	-0.1722	0.2005	-0.0431	0.0134	0.2558	0.1978	-0.0222	58.789	106.589	-19.99
28	0.1928	0.4314	-1.1423	2.2562	-7.9402	70.3745	-0.2561	0.3436	0.073	-0.5038	-0.5903	-0.0686	-0.2247	0.3664	0.8464	0.1392	0.046	-0.0357	0.1156	0.2436	0.3008	36.166	116.669	-12.241
29	13.3885	6.3606	-22.457	4.884	-15.0986	55.4958	0.497	0.7578	0.3203	-0.1593	-0.2264	-0.0618	-0.03	0.187	-0.2705	0.1205	0.0413	-0.048	0.1591	0.274	0.1073	39.187	108.463	-18.675
30	17.1628	14.7968	-18.9249	17.3085	-20.2361	26.9583	0.0314	1.0465	0.1851	0.0998	0.1258	-0.181	-0.4122	-0.0119	-0.1572	0.0828	0.0249	-0.0202	0.2499	0.2175	0.0119	48.464	104.303	-22.012
31	7.815	-16.6412	8.0509	49.6282	-24.2679	12.5808	0.3186	0.1233	0.6592	-0.5375	-0.0431	-0.2344	-0.002	-0.1455	-0.2755	0.1394	-0.0228	0.0289	0.0562	0.2483	0.2775	61.048	122.301	-7.666
32	0.2192	-0.7955	-0.5514	57.5537	-15.6298	7.073	-0.0873	0.1984	0.4715	-0.4141	0.6073	-0.2164	-0.3992	-0.368	-0.52	0.105	-0.0009	0.0517	0.2193	0.2942	0.1817	64.124	114.077	-14.052

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	21 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	252 - 354
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	21 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	252 - 354
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	21 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	252 - 354
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	21 - 64
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	252 - 354
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	21 - 64
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	252 - 354
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	21 - 64
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	252 - 354
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	21 - 64
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	252 - 354
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	21 - 64
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	252 - 354
17	X-RAY DIFFRACTION	9	A	65 - 85
18	X-RAY DIFFRACTION	9	A	168 - 251
19	X-RAY DIFFRACTION	10	A	86 - 167
20	X-RAY DIFFRACTION	11	B	65 - 85
21	X-RAY DIFFRACTION	11	B	168 - 251
22	X-RAY DIFFRACTION	12	B	86 - 167
23	X-RAY DIFFRACTION	13	C	65 - 85
24	X-RAY DIFFRACTION	13	C	168 - 251
25	X-RAY DIFFRACTION	14	C	86 - 167
26	X-RAY DIFFRACTION	15	D	65 - 85
27	X-RAY DIFFRACTION	15	D	168 - 251
28	X-RAY DIFFRACTION	16	D	86 - 167
29	X-RAY DIFFRACTION	17	E	65 - 85
30	X-RAY DIFFRACTION	17	E	168 - 251
31	X-RAY DIFFRACTION	18	E	86 - 167
32	X-RAY DIFFRACTION	19	F	65 - 85
33	X-RAY DIFFRACTION	19	F	168 - 251
34	X-RAY DIFFRACTION	20	F	86 - 167
35	X-RAY DIFFRACTION	21	G	65 - 85
36	X-RAY DIFFRACTION	21	G	168 - 251
37	X-RAY DIFFRACTION	22	G	86 - 167
38	X-RAY DIFFRACTION	23	H	65 - 85
39	X-RAY DIFFRACTION	23	H	168 - 251
40	X-RAY DIFFRACTION	24	H	86 - 167
41	X-RAY DIFFRACTION	25	A	355 - 376
42	X-RAY DIFFRACTION	26	B	355 - 376
43	X-RAY DIFFRACTION	27	C	355 - 376
44	X-RAY DIFFRACTION	28	D	355 - 376
45	X-RAY DIFFRACTION	29	E	355 - 376
46	X-RAY DIFFRACTION	30	F	355 - 376
47	X-RAY DIFFRACTION	31	G	355 - 376
48	X-RAY DIFFRACTION	32	H	355 - 376

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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